根据以上职责，市科技和信息化局设17个内设机构。
(一)办公室。
负责综合协调机关政务工作；负责组织拟订机关各项规章制度并协调检查实施；负责重要工作文件的起草；负责文件、保密、机要、档案、信访、宣传、信息、会务和议案提案办理等工作；负责组织实施机关政务公开和信息化建设；负责组织编纂科技、信息化和无线电管理年鉴和修志工作；负责机关安全保卫、财务、资产管理、车辆管理等工作。
(二)政策法规处。
起草有关科技、信息化和无线电管理的地方性法规、规章草案；拟订科技和信息化发展政策；拟订全市创新体系建设规划；承办本部门行政复议和行政诉讼工作，负责行政规范性文件的审查工作；拟订科技和信息化人才队伍建设、促进科技知识产权创新的政策措施；推进科技和信息化体制改革；承办相关科研机构组建和调整的审核事宜；会同有关部门认定创新型企业和自主创新产品；承担市民营科技企业的认定工作；拟定科普工作规划和政策，组织开展科普工作，参与组织指导科技人员的继续教育工作。
(三)高新技术发展及产业化处(与产学研结合处合署)。
拟订高新技术发展及产业化的政策措施和规划方案；指导、协调高新技术产业开发区等园区、企业孵化网络建设；组织开展产学研结合工作，拟订产学研结合的政策措施，编制产学研结合发展规划、年度计划和产学研结合专项资金项目并组织实施。会同有关部门认定高新技术企业、技术先进型服务企业和高新技术产品；牵头组织推进高新技术领域科技攻关与产业化；推动高新技术产业化技术支撑与服务体系建设。
(四)发展规划处。
组织拟订科技、信息化发展规划、年度计划；组织科技、信息化发展的研究和技术预测工作；提出科技和信息化发展重大布局、优先领域政策性建议和科技计划经费配置建议，统筹重大科技和信息化专项、重大关键技术和共性技术攻关；组织实施应用基础研究计划，组织认定市级工程技术研究开发中心，组织申报国家级、省级科技计划；负责科技和信息化计划管理工作，负责牵头科技型中小企业技术创新基金项目的申报和管理工作。
(五)科研条件与财务处。
拟订科研条件保障的政策和规划；会同有关部门提出科技和信息化投入及优化资源配置的政策和措施建议。编制本部门科技和信息化经费预决算及经费使用的监督和绩效管理；推进创业投资体系建设；负责内部审计工作；拟订重点实验室、行业工程技术研究中心等科研条件计划；负责指导对实验动物、大型科学仪器装备的管理工作。
(六)农村和社会发展处。
拟订生物技术及产业化、农业及农村科技和社会发展领域科技发展规划和政策；组织推进农业、生物产业和社会发展领域科技攻关、应用示范及产业化；促进人口与健康、医疗卫生、循环经济、节能减排、环境保护、海洋、公共安全等领域科技发展；指导农业、生物科技园区和产业基地建设。
(七)科技服务与管理处。
拟订科技服务业发展规划和政策；拟订科技成果评价、登记、奖励、技术保密和技术转移的管理办法并组织实施；指导和监督管理技术市场、信息服务市场、科技与信息中介组织；承担科学技术奖评审、技术合同认定登记以及科技和信息化展览、技术交易会的组织工作；指导科技统计、信息行业统计工作；指导科技信息库和专家库的建设和管理。
(八)电子信息处。
拟订和组织实施电子信息产品制造业发展规划和政策；负责电子信息产品制造业的行业管理工作；监测分析电子信息产业运行，协调解决行业发展中有关问题；组织推进电子信息科技攻关重大专项与产业化；协调指导电子信息产业基地建设。
(九)软件和信息服务业处。
拟订和组织实施软件和信息服务业发展规划和政策；负责软件和信息服务业的行业管理工作；组织推进软件和信息服务业科技攻关重大专项与产业化；负责组织“双软认定”、重点软件和动漫企业认定工作；指导软件产业基地建设；推动软件公共服务体系建设。
(十)电子政务处。
统筹推进电子政务建设，组织编制电子政务发展规划、计划并组织实施；负责政府投资的信息化建设项目立项审核、管理、验收和绩效考核；组织协调市级电子政务项目建设与应用，指导政府网站建设；组织推进政务信息资源整合和共享；统筹协调全市信息化公共平台建设和管理。承担全市社会信用体系建设有关工作。
(十一)信息化发展处。
推进信息技术和互联网的普及应用，推进社会和经济各领域的信息化应用；会同有关部门推进信息化和工业化融合；协助推进电子商务发展；协调推进国家、省、市信息化应用重点工程；负责全市智能卡、电子标签规划和协调管理；推广信息化领域新技术、新标准；组织开展信息化指标测评。
(十二)网络与信息安全处。
负责全市网络、信息安全和信息化基础设施的规划与管理工作；组织协调信息安全保障体系和网络信任体系建设；协调推进全市信息安全等级保护、信息安全风险测评等基础性工作；协调推进国家、省、市信息网络与信息安全重点工程建设和区域信息基础设施资源共享。推进面向社会服务的信息网络互联互通，促进“三网融合”。
(十三)信息资源处(挂视频管理处牌子)。
拟订全市信息资源开发利用的发展规划和政策，并组织实施；负责全市公共安全视频系统建设和应用的统筹规划、综合协调，推进资源整合共享，监督落实管理维护责任。
(十四)无线电管理处(挂市无线电管理办公室牌子)。
拟订本市无线电管理的相关规定和实施细则，并组织实施；负责审批无线电频率、无线电台(站)的设置和使用，指配无线电台呼号，核发无线电台(站)执照；负责无线电台(站)年度检验工作；负责无线电频率的协调工作；负责组织本市辖区内的无线电监测和无线电发射设备的检测工作。负责无线电频率占用费的征收和无线电业务经费的管理使用；负责无线电发射设备的生产备案和进口无线电发射设备的核准。负责本市无线电管理行政执法工作的监督、指导和协调。完成上级无线电行政主管部门交办的工作任务，指导区、县级市无线电行政主管部门的业务工作。
(十五)交流合作处。
拟订科技和信息化交流与合作的政策措施；组织实施政府间及有关国际组织间的科技和信息化交流与合作；负责区域科技和信息化合作的协调；指导民间国际科技与信息化合作交流；承担有关国际学术会议的组织工作；组织国(境)外科技与信息化展览会；组织境外高新技术项目的引进工作；承担科技与信息化外事工作的审核申报。
(十六)组织人事处(与纪委办公室、监察室、机关党委办公室合署)。
负责机关和指导直属事业单位的组织人事、机构编制、劳动和社会保障、纪检、监察、党群等工作。
(十七)离退休干部工作处。
负责机关离退休干部工作，指导直属单位的离退休干部工作
