朱三太子案是清初的第一大案，困扰了清初的统治者将近80年。自明朝灭亡之后，就不断有人假冒明末皇帝崇祯帝的三个太子发动叛乱，搞得多尔衮，顺治和康熙寝食难安。该案件的发端在于甲申之变。崇祯十七年3月19日清晨，明末帝崇祯朱由检在煤山自缢身亡，时年33岁。
崇祯身后留下了三个儿子。北京城破前，三位皇子被太监乔装打扮之后送出了宫。太子朱慈俍16岁，最小的朱慈焕只有12岁。护送太监将这三位皇子送给了李自成。李自成很大度，封太子朱慈俍为宋王，其他两个皇子被被封爵。李自成手握三个皇子自然是最重要的战利品，对于招抚明朝官员、安抚百姓是非常重要的，但很快也被有一些反对大顺政权的人给利用，他们打出了恢复太子朱慈俍帝位的口号开始兴兵反对李自成。
李自成政权垮塌后，大清政权入主北京，民间百姓又举起了太子朱慈俍的旗号，反对满清统治。一时间，各地都拥立了他们所谓的太子，真假太子，层出不穷，真假莫辨。多尔衮对于凡是坚持太子是真的人一律处以极刑，所有的真假太子都被处死。在强大的高压统治面前，太子案风波暂时得以平息。到了康熙统治的时候，谁曾想崇祯皇帝的小儿子朱慈焕竟然奇迹般地活了下来。他便是大名鼎鼎的朱三太子。崇祯帝自身死煤山后，朱慈焕几经辗转到了安徽凤阳，遇到了一位姓王的明朝给事中，他把自己的身世告诉了这位给事。王给事为了掩人耳目，让其更名为王占元。让其跟随自己的几个儿子一起读书，但是王家很快遭到变故。
朱慈焕又流落江湖后，娶了一个姓胡的女子之后，定居于浙江余姚，开设私塾为生。朱慈焕却将自己的身世透露给自己的密友，这一爆炸性新闻迅速传开。浙东念一和尚很快便打着朱三太子的名号在康熙45年发起叛乱。两年后念一和尚被捕，在山东汶上县躲避了两年的朱慈焕也被抓住，当时他已经75岁。朱慈焕三太子的身份真假已经不能辨识，因为当时在明朝服务过的最小太监也已年过古稀，他们不可能根据三太子少年时的面貌来判断一个75岁的老人是不是三太子，最终康熙皇帝还是发了点仁慈，本应凌迟的朱三太子改判为斩立决。朱三太子案才算得以平息。
“朱三太子”一案，据说是最悬疑的，扑朔迷离的清朝大案之一，这个案子曾经一度活跃在朝野。这个“朱三太子”究竟有没有在世呢？这些我们都不得而知，总之自这个案子之后，不少“反清复明”的起义军就以这一个为旗号，拥护“朱三太子”不断地进行着造反活动，那么这个事件的真相又是怎么样的呢？
这一案件就是指假冒“朱三太子”的案件，这一个案件可以参考电视剧《康熙王朝》，当年这个案件扯起来了恢复救国的旗号，不断地拥护王室和后裔，以便起兵对抗清朝而发生的叛乱谋反，历史上的“朱三太子”案还不止一个，而当年的杨起隆起事，便是影响力最大的一出，当时的杨起隆虽为无业游民，简称为小混混，但是此人十分的勇敢，敢行事，有谋略，后面知道原来是杨起隆借此事来伺机谋反，后来被押到北京致死。对于康熙来说，当年这事，其实对他来说并不可怕，但是“朱三太子”一案让他看到了这个大旗的号召力不容小觑，每一次当他想到这事的时候，都会毛骨悚然。那么真正的朱三太子，又在哪里了呢？
康熙年间的“朱三太子”一案，可谓是康熙皇帝的一个心结，在将近清军入关的七八年之间，这一个案件成为了政治舞台之上的一个神秘的敌人。据当时历史统计，以“朱三太子”的名义来起义、谋反、诈骗的时间至少发生了20多起。自南北两地的太子一案解决了以后，世上也在没有听说过三儿子朱慈炯的消息了，但是崇祯还剩下了两个儿子，一个是三儿子一个是四儿子，特别是三儿子，不时地像影子一样频繁活跃在反清复明的舞台之上。“朱三太子”的真真假假成为了当时明清之际一个重要的斗争工具，太子的真假仿佛不由人来决定，而是由政治舞台决定。
总而言之，所谓的“朱三太子”一案，对于当时清朝的人来说影响非常的大，其实道理上也说得通，在权力的舞台上面，总会有人觉得权力者是满族人，让少数民族来掌管权力，会让汉人感到非常的不满。“朱三太子”是什么其实不重要，最重要的是“朱三太子”一案是清朝统治者的眼中钉，必须要铲除。