原因有很多。1.是减税幅度小，企业看起来麻烦;；2.一些小企业雇用会计代理人，他们为了省事而擅自放弃减税。3.部分企业前期预缴税款较多，需缴纳较多税款。他们担心税务局在办理退税前会核对账目。如果审查严格，他们不仅可以享受减税，还可以缴纳更多的税款。留存税额可以简单地理解为
进项税额大于
销项税额时的留存税额。进项税是指纳税人在购买商品、
无形资产或房地产时缴纳的增值税。销项税是指销售时征收的增值税。一般来说，形成税收保留和税收抵免的原因很多，如集中投资、商品生产周期长等。
拓展资料：一、增值税发票的相关规定
1. 增值税普通发票的格式、字体、栏号、内容与增值税专用发票完全一致。根据发票副本，分为两份和五份。基本联为两联，第一联为记账联，卖方作为
记账凭证；第二张为发票单，买方作为记账凭证使用。此外，为了满足部分纳税人的需要，在基本复印件后增加三份，即五份，供企业选择。
2. 普通增值税发票第二联（发票联）采用防伪纸印制。编码采用专用防伪油墨印制，号码字体为特殊形状体。每个连接的颜色为蓝色、橙色、绿蓝色、黄绿色和紫红色。
3. 凡纳入“
一机多票”系统（含试运行）的普通纳税人，自纳入之日起使用全国统一的增值税普通发票，通过防伪税控系统开具。普通纳税人已领购但未使用的旧普通发票，主管税务机关应当予以注销或者限期退还税务机关；经税务机关批准使用印有自己姓名的发票的一般纳税人可以暂停将其纳入“一机多票”系统，以避免浪费库存发票，但不得迟于2005年底
4. 增值税普通发票的价格由国家发展和改革委员会统一制定。
5. 各级税务机关要高度重视"一机多票"制度的试点工作，切实做好普通发票新旧衔接工作。要把握形势，统筹安排，合理安排，确保“一机多票”制度的顺利实施。
二、管理措施
实行门票退税制度，提高消费者索要发票的热情
增值税的最终负担是消费者。从增值税的设计理论和实践来看，不扣除消费者购买商品所缴纳的增值税。因此，发票对消费者并不重要。是否索要发票与纳税人自身的切身利益无关，这使得纳税人有可能逃税。许多地方实施发票抽签等方式，鼓励消费者索要发票。消费者索要发票的热情提高了，发票的使用增加了一倍，税收也增加了。但毕竟，这是某些地区方法的一部分。为了提高消费者索要发票的积极性，有必要在全国范围内实施票券退税制度。也就是说，消费者在购买商品时，只要拿到发票，就可以凭发票向财务部门申请退税。这样，将大大提高消费者购买商品索要发票的积极性，建立消费者与纳税人之间的相互制约监督机制，有效防止纳税人在零售环节不开发票逃税，它还可以培养中国公民购买商品和索要发票的习惯。期限（可分为一年、半年或一个月）、期限（可季度或月度）、条件（消费者必须购买商品或服务进行消费）、退税比例（低于增值税征收率）、退税管理（最好是国家税务部门），等等可以研究。票券退税制度在一些国家已经实施，并取得了良好的经验，值得我们借鉴。