FAT32：
大多数用户使用的U盘格式都是FAT32格式，因为它的兼容性相对好一些，几乎可以完美应对所有操作系统，并且快速的进行读写工作。但是它的缺点是是不能设置权限，安全等级较低。并且最关键的一点就是它最高只能支持4G以下的单个文件传输。随着文件越来越大，一个高清的电影就已经达到了好几个G的大小，相比之下FAT32已经属于落后“产品”。
NTFS：
目前来说，NTFS格式的U盘或者硬盘来说，都是使用最广泛的一种。相比之下我们可以对此格式的U盘进行设置权限，并且可以做出FAT32不能实现的功能。在互换性和实用性来说，NTFS远高于FAT3。并且在支持文件上最大可以拓展为256T。看清楚，是256TB！只要是U盘或者硬盘能放得下的文件几乎可以读写。小编使用的U盘PE中也是使用NTFS格式，存储和读写方便快捷。刷系统分区时建议使用NTFS类型。
主要是用的就是NTFS和FAT64两种。机械硬盘和固态硬盘使用NTFS较为合适，存储能力强和通用性好。而作为移动端，U盘或者移动硬盘等设备使用FAT64较为合适，读写速度相对较快。
NTFS与FAT32是两种不同的磁盘文件系统格式，就像两个不同的图书馆，他们书架的摆放，尺寸各不相同，管理方式也各不相同！今天小编就带大家具体了解他们之间差异。
1、磁盘分区容量区别
NTFS可以支持的分区(如果采用动态磁盘则称为卷)大小可以达到2TB（2048GB）,而Windows 2000中的FAT32支持分区的大小最大为32GB。
2、单个文件容量区别
FAT32在实际运行中不支持单个文件大于4GB的文件，一旦超过容量限制那么系统就会提示磁盘空间不足。
NTFS就目前来说已经突破了单个文件4GB的容量限制，目前来说似乎没容量限制，只要硬盘空间容量有多大，那么NTFS就可以分到多大。
因为现在的很多应用程序以及游戏大作都超过了4GB容量，因此用户必须将大程序安装的磁盘改成NTFS格式。
3、安全方面区别
可以针对电脑用户对该格式下所有的文件夹、文件进行加密、修改、运行、读取目录及写入权限的设置。此外，在磁盘分区下任意文件夹或文件上右键属性，在高级属性窗口中勾选中加密内容以便保护数据即可做到加密。
FAT32文件安全设置：不支持；
NTFS文件安全设置：支持。
4、磁盘配额的区别
在一台电脑有多个用户使用时，而作为系统管理员，可以给用户设置不同的磁盘空间容量，被设置用户只能使用这个被限额的磁盘空间。
如：管理员设置用户A的D盘磁盘配额为1GB，那么用户A在使用电脑时，E盘他只能用1GB的空间，多的用不了。
FAT32磁盘配额：不支持；
NTFS磁盘配额：支持。
5、磁盘利用率区别：
在Windows2000的FAT32文件系统的情况下,分区大小在2GB～8GB时簇的大小为4KB；分区大小在8GB～16GB时簇的大小为8KB；分区大小在 16GB～32GB时,簇的大小则达到了16KB。
而Win 2000的NTFS文件系统，当分区的大小在2GB以下时,簇的大小都比相应的FAT32簇小;当分区的大小在2GB以上时(2GB～2TB),簇的大小都为4KB。
相比之下，NTFS可以比FAT32更有效地管理磁盘空间，最大限度地避免了磁盘空间的浪费。
6、系统文件压缩的区别
在磁盘分区中任意文件中右键属性，我们在高级属性窗口中可以设置给单个文件或整个文件夹压缩，压缩之后可以一定程度上节省占用磁盘空间的容量大小。而且当对文件进行读取时，文件将自动进行解压缩；文件关闭或保存时会自定对文件进行压缩。
FAT32系统文件压缩：不支持；
NTFS系统文件压缩：支持。
7、磁盘碎片方面的区别
从FAT16的文件系统格式，到之后的FAT32然后再到现在的NTFS文件系统格式，我们就会发现从磁盘分区的格式不同，那么所产品的磁盘碎片也是越来越小。
FAT32磁盘碎片：产生的磁盘碎片一般；
NTFS磁盘碎片：产生的磁盘碎片较少。
8.、现实应用中区别
NTFS目前多用于电脑、移动硬盘等各种大中型空间容量的磁盘。
FAT32却多用于U盘、内存卡等小型磁盘。
综上，我们可以看出：NTFS文件系统与FAT文件系统相比，功能更强大，适合更大的磁盘及分区，且磁盘利用率还很高，安全性与稳定性也杠杠的，想较FAT32是更为完善和灵活的文件系统。
1、NTFS是日志式的文件系统，需要大量的写入。而U盘的读写是有寿命的，所以不推荐使用NTFS文件系统。
2、FAT32是最适合U盘使用的文件系统之一，但有缺点，就是不支持单个文件大于4GB。不过，如果是启动装系统和常用软件的U盘，一般不可能有大于4G的单个文件，所以无妨。
3、如果需要保存大于4GB的单个文件，微软推出一种新的格式叫exfat，适合U盘使用。不过，这种格式兼容性不好，认识的设备不多。本回答被提问者采纳
2、支持文件大小优势：NTFS≈exFAT>FAT32；
3、FAT32致命缺陷，不能存储超过4GB大小的文件。如果想要拷贝高清电影、大型游戏大型软件镜像，有可能会有超过4GB的文件，是无法存到FAT32文件系统分区里面的，NTFS没有这个问题；
4、对于超过4G的u盘，在可以确信自己接触的电脑都能识别exF格式分区的情况下，用exFAT格式是最佳选择。如果担心可能会碰到不认exFAT的电脑，就比较适合NTFS；
5、4GB以下容量u盘，不用考虑的，FAT32最合适；
6、NTFS存在一种记录日志什么的机制，在操作分区内任何文件的时候都会写日志，理论上来说影响u盘的寿命。但是，实际上，一般u盘就是拿来拷照片啊文档啊游戏电影什么的，对日志的操作远没有装了操作系统的C盘频繁，不足以对u盘的寿命产生实质性明显的损伤。