畸形精子症的治疗根据病因，一般有药物治疗和手术治疗以及避免接触不利因素等。
引起畸形精子症的原因有生殖系统的感染、内分泌的异常、精索静脉曲张以及高温等不利因素。
如果是泌尿及生殖系统的感染引起的畸形精子症，一般给予抗炎药物治疗；内分泌的异常可以予激素药物进行内分泌的纠正治疗；精索静脉曲张严重的可以行手术治疗。
另外，有些不良的习惯及不利环境引起的精子畸形，如长时间在高温环境下，或经常的过热热水洗浴；经常接触射线及有辐射性的物品；服用对生殖系统有危害的药物等等。以上情况解除不利因素有可能恢复正常。
如果经检查，严重少弱畸精症以及无精症需要做染色体的检查，如果染色体存在异常，治疗会比较困难，可能需要进行人工辅助生殖尤其第三代试管婴儿助孕
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