在模拟器上的金手指列表里面找到想要去除的金手指，把金手指前面的勾去掉就可以了，不过部分金手指要在关掉后先保存游戏再重启游戏之后效果才会消失。
宝可梦 终极
红宝石和宝可梦始源
蓝宝石是红宝石蓝宝石在
任天堂3DS的重制作品。
新剧情
在原有的版本中，游戏内容之间经过的路程被简化，在剧情后会自动前往目标地点，而不需要玩家自行前往。
主角在登入名人堂后，会进入特殊章节的剧情，主角能在特殊章节里面收服
代欧奇希斯。
小悠和小遥可以获得超级手镯。
开场画面使用了从宝可梦多功能导航器上的原有版本画面过渡到重制作品的画面，背景音乐也随画面过渡到新版本。
熔岩队和海洋队成员都有了新的形象。
大吾在终极红宝石和始源蓝宝石中不仅担任冠军，而且他会寻找
超级进化的秘密。
主角能在特殊章节可以挑战米可利在绿宝石的冠军队伍。
第一轮游戏完成后的动画变为了主角在丰缘地区完成游戏剧情的照片片段，同时会出现当时同行宝可梦中首只宝可梦。
与AZ的战斗类似，在第一轮游戏最后增加一场与小悠或小遥（视选择主角而定）的战斗。