海林市财政局的内设机构分工明确，各司其职，确保财政工作的高效运行。
首先，办公室主要负责机关的日常政务工作，如会议组织、文件处理、秘书事务、档案管理以及办公自动化等。它还负责起草重要文件，进行综合调研和财政信息的发布，参与政策研究，并负责督办领导交办的任务。办公室还协调局内各部门，负责文告工作，以及机关的政务和财务管理工作，代理行政复议和诉讼工作。
在人事管理方面，综合计划股承担着重要职责，包括拟定机构设置、人事和劳动工资制度，组织公务员培训，以及参与住房、物价等相关制度改革。股室负责预算外资金管理、预算编制和决算审批，监督彩票发行，并协调国债发行工作。其还负责地方金融机构的财务管理和监管。
预算股（与市财政统发工资财政审核办公室合属办公）的核心任务是预算管理，编制、汇总年度预、决算，审核和批复各类预算，如政府采购、社会保障、基本建设以及国有资产经营预算。股室研究财政战略和分配政策，提出宏观调控建议，参与宏观经济决策和政策制定，并监督预算执行情况。