生态农业的特征主要表现在综合性、多样性、高效性、持续性。
1、综合性
生态农业强调发挥农业生态系统的整体功能，以大农业为出发点，按“整体、协调、循环、再生”的原则，全面规划，调整和优化农业结构，使农、林、牧、副、渔各业和农村一、二、三产业综合发展，并使各业之间互相支持，相得益彰，提高综合生产能力。
2、多样性
生态农业针对我国地域辽阔，各地自然条件、资源基础、经济与社会发展水平差异较大的情况，充分吸收我国传统农业精华，结合现代科学技术，以多种生态模式、生态工程和丰富多彩的技术类型装备农业生产，使各区域都能扬长避短，充分发挥地区优势，各产业都根据社会需要与当地实际协调发展。
3、高效性
生态农业通过物质循环和能量多层次综合利用和系列化深加工，实现经济增值，实行废弃物资源化利用，降低农业成本，提高效益，为农村大量剩余劳动力创造农业内部就业机会，保护农民从事农业的积极性。
4、持续性
发展生态农业能够保护和改善生态环境，防治污染，维护生态平衡，固碳减排，提高农产品的安全性，变农业和农村经济的常规发展为持续发展，把环境建设同经济发展紧密结合起来，在最大限度地满足人们对农产品日益增长的需求的同时，提高生态系统的稳定性和持续性，增强农业发展后劲。
生态农业的发展历程：
生态农业按照生态学原理和生态经济规律，因地制宜地设计、组装、调整和管理农业生产和农村经济的系统工程体系，生态农业是世界农业发展史上的一次重大变革。
纵观人类一万年的农业发展史，大体上经历了三个发展阶段：一是原始农业，约7000年；二是传统农业，约3000年；三是现代农业，至今约200年。
20世纪70年代以来，越来越多的人注意到，现代农业在给人们带来高效的劳动生产率和丰富的物质产品的同时，也造成了生态危机：土壤侵蚀、化肥和农药用量上升、能源危机加剧、环境污染。
一、综合性。生态农业是靠农业生态系统支撑的。生态农业整体生物产量高，源于生态农业的结构合理，相互协调。生态农业光合作用产物利用合理，保证了系统内的能流物复，同时安排复种间作提高了绿色植物光合产物的利用率。生态系统的综合性，坚持了以农业整体为中心，协调中国生态农业建设应该由户、村的层次向县的层次发展。 “县”是中国行政系统的最基层单位，它具有相对独立的行政和经济的自主权。从行政的角度，它有权运用政策等措施，借着调动自己拥有的财力和资源，发挥对生态经济系统的调控能力，达到经济规模和危机分担等功能。从规划的角度，县是具有一定规模和特点的自然群体，是宏观与微观的结合，能就农民的需要，设计优化的土地利用形式，也能定出合理的人均耕地面积，有效统筹农村的劳动人口。，实现资源的循环利用和能源的再生，以达到调节整个农业产业结构的目的。
二、多样性。生态农业所保持的生态平衡是螺旋形向前发展的最佳动态平衡。生态农业和狭义农业的区别在于：从生产内容上讲，它不局限于种植业，而是农、林、牧、副、渔多种经营，全面发展。从生产地域上讲，它不局限于耕地，而是把全部土地都当做自己的生活场所；又不局限于粮食，而是建立在营养科学的基础上，根据人体营养需要的热能（糖类、脂肪等）、蛋白质、多种维生素和各种矿物质的数量和比例，科学地安排农业生产。
三、高效性。生态农业凭借其循环、再生的综合性，通过对物质的深加工和能量的循环再利用，提高了农民的增值收益，加快了农业生产的效率，同时改变了局部农业产业结构。生态农业的核心是科学技术，通过生态模型的技术方式来实现特定经济作物的增值生产，以生态工程的技术手段来平衡各地区的区域优势，将技术与社会需要、当地实际协调，发挥对生态经济系统的调控能力，达到经济规模和危机分担等功能，形成)经济效益高。