一、指代不同
1、系统文件：是存放操作系统主要文件的文件夹。
2、文件系统：是操作系统用于明确存储设备或分区上的文件的方法和数据结构；即在存储设备上组织文件的方法。
二、特点不同
1、系统文件：在安装操作系统过程中自动创建并将相关文件放在对应的文件夹中，这里面的文件直接影响系统的正常运行，多数都不允许随意改变。
2、文件系统：指定命名文件的规则。这些规则包括文件名的字符数最大量，哪种字符可以使用，以及某些系统中文件名后缀可以有多长。文件系统还包括通过目录结构找到文件的指定路径的格式。
三、作用不同
1、系统文件：对维护计算机系统的稳定具有重要作用。
2、文件系统：负责为用户建立文件，存入、读出、修改、转储文件，控制文件的存取，当用户不再使用时撤销文件等。
参考资料来源：百度百科-文件系统
参考资料来源：百度百科-系统文件
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