（一）分质评价原则
地下水质量决定着地下水资源的可利用性或开发利用方向，因此，地下水数量评价应按水质分级进行。
按矿化度（M）分级的标准：当M＜1g/L时，为地下淡水；当1g/L＜M＜3g/L时，为地下微咸水；当3g/L＜M＜5g/L时，为地下半咸水；当M＞5g/L时，为地下咸水。
（二）系统原则
地下水系统在时空上具有共同水文地质特征与演变规律，是含水介质与地下水的统一体，包括含水介质的特征、地下水的理化性质和动力-动态特征。因此，在区域地下水资源评价中，需要正确认识地下水系统结构、功能和系统与外界的联系，需要以地下水一级系统为评价单元，确保评价对象的完整性。
作为大尺度的区域地下水系统，一般按某一流域或盆地的天然边界确定其范围，一个流域性的地下水系统往往又可根据水动力条件、含水层结构或水化学特征划分为多级子系统，但无论如何划分，作为一个一级系统具有水动力场和水化学场的整体一致性和相关性，亦即构成整体系统的任何要素的变化或系统某一局部的变化都会引起系统其他要素或其他部分的相应变化。
（三）水循环原则
水循环是地下水系统更新、变化及其水资源可持续利用的基础条件。大气降水、地表水与地下水之间相互联系、相互转化，地下水不断参与水循环的过程中获取新的水量。因此，在地下水数量评价中，需要重视水循环过程及其作用。深入认识不同尺度水循环规律，有利于提高地下水数量评价的科学性和客观性。
（四）动态原则
在地下水数量评价中，需要采用动态原则开展相关工作。需要考虑气候周期性变化、人类活动强度不断增强和需求不断提高对其影响，重视自然因素和人为因素对地下水补给、径流、排泄条件及数量的影响变化。在天然条件下，地下水数量变化不仅具有不同尺度的周期性，而且在这种周期性变化中还存在诸多不确定性影响，尤其是人类活动对地下水数量评价具有不容忽视的影响。
（五）可持续原则
遵循地下水资源永续利用原则，是地下水评价的基本准则。资源可持续利用和环境良性可持续发展的原则是时代的要求。由于近几十年来水资源的不合理利用，产生一系列与地下水有关的生态和环境地质问题，严重制约了区域社会经济的可持续发展。因此，人类发展与自然的和谐共处成为当代水资源管理中的核心问题之一，这就要求以可持续的观点在充分考虑地下水与生态和环境系统之间的相互关系的基础上合理评估地下水资源。