据统计，自国家设立科学技术奖以来，截至2009年，高校共获得国家自然科学奖489项，占授奖总数的52.3%，获国家技术发明奖1191项，占授奖总数的37.0%，获国家科技进步奖3044项，占授奖总数的30.9%。“大丰收”的背后，反映了近几年高校科研工作发展迅猛的状况。
但在实际工作中，我们还经常可见媒体的曝光：由于资金紧缺，部分高校科研经费被用于基础建设、征地、改善教学科研条件和支付贷款利息上。或者，众多科研经费被一些利益关系人当做一种潜在资源进行运作，学术就成了“交际学术”、“江湖学术”，崇高和严肃的学术研究变成了权钱交易、利益交换等等。因此，如何管好、用好这部分资金，保证高校科研工作的顺利进行，使其产生更好的社会、经济效益，已成为高校广大财务工作者所要研究的新课题。
一、高校科研经费财务管理的现状分析
（一）经费来源渠道复杂
高校科研项目经费来源广泛，有财政拨款的，学校自筹的、社会捐赠的、为其他业务单位承担的、上级单位拨给的还有商业运作开发的。对于来源不同，对其经费管理也不同，如在预算中，来自财政拨款的，一般纳入部门预算，作为项目经费管理，对其支出管理也比较严格，有些还纳入了国库集中支付管理，在审计时往往也是检查得重点；而来自上级单位的，一般作为上级补助收入，其支出往往受上级单位意向而定，但是来自其他单位的，往往都没有纳入部门预算，作为往来款管理，这样，对支出管理往往较为松懈，而且对方单位也无权查看账面，造成有些支出不可避免地出现混乱的局面。对于商业开发的，则注重科研转化。
（二）项目管理与财务管理脱节
目前，多数高校由科研管理部门负责科研项目管理及费用控制，并定期与财务部门的相关账务进行核对。由此，观上存在了“管项目的不管钱”、“管钱的不管项目”、“管审计的不管预算也不管项目”、“管预算的不管开支”，“管决算的不管预算”等现象。加之部门间缺少必要的沟通，管理上没能协调统一，形成了科研项目管理和科研经费管理脱节，便极易造成项目管理与经费管理严重脱节的现象，进而不能通过经费管理来控制项目进程，出现科研经费已经用完而科研项目却未结题，或者科研项目已结题，结余经费却长期挂账等情况 。
（三） 科研经费流失现象严重
1 转拨、挤占科研经费
有些科研人员为躲避学校对资金的审核和管理，把项目经费他向转移，致使科研经费未尽其用，给国家造成资金损失。部分高校科研经费被用于基础建设、征地、改善教学科研条件和支付贷款利息上。有些高校考虑自身利益，以各种名义截留、挤占科研专项经费，弥补行政经费不足，如支付会议费、差旅费、福利补贴、购买办公设备等，致使本就紧张的科研经费捉襟见肘。
2 浪费严重大部分人认为横向科研经费是凭个人的能力争取来的，跟学校无关，于是到商场买衣服、家用电器，开具的却是购买复印纸、办公用品的发票，致使科研经费支出失去了真实性。还有大部分科研经费开支用于报销汽油费、出租车费、餐费、打印费等，真正用于科研开发的业务费用比例较低，报销票据存在“失真”和“偷梁换柱”的现象。
此外，由于目前科研经费总体上仍趋紧张，课题经费申请竞争非常激烈，为了承揽科研项目，申请科研经费，被某些高校和专家教授当做一种潜在资源进行运作，学术就成了“交际学术”、“江湖学术”，崇高和严肃的学术研究变成了权钱交易、利益交换，造成了巨大浪费。
3 结题不结账
按照《 关于国家科研计划实施课题制管理的规定》 及高等学校财务制度的规定，已完成并通过验收的科研项目，对课题的结余经费应进行结算审核。 2007年，某高校对本单位科研项目进行清查，清出结题项目305个，结存资金1100多万元，平均资金闲置率36.3%，而且发现结题项目时间跨度较大，有些可追溯到上个世纪80年代。这种“结题不结账”，造成了大量科研经费闲置沉淀，使得课题中的许多固定资产未能得到及时清理，同时也给财务核算和项目管理带来了一定难度。此外，高校对于结余经费处理也没有明确规定，管理松懈。有些课题已结，但部分高校人员为了想尽办法用完结余资金，就把课题结余资金用于个人旅游费、通讯费、家庭日常开销等。
（四） 内部管理和监督机制不完善
一方面高校内控制度不健全、管理监督机制不完善，使科研经费没有形成有效的管理制度；另一方面高校学校科研管理部门所制定的科研经费内部管理制度，往往只重视科研项目的规模、科研成果以及科研收入，忽视科研经费使用管理和绩效评价制度的建立。而财务部门却“重决算，轻预算”，审计部门缺乏全程跟踪监督，造成管理上的混乱。而且许多高校对科研项 目的立项、经费拨入、使用、结算、成果转化等流程中经费使用的合理性、经济性、效率性等，均没有完善的制度做控制，造成科研经费监督机制不完善，管理职能缺失。
（五） 科研经费成本核算不准确
科研人员经费及间接费用核算不合理，是科研经费成本核算不准确的主要原因。较长时间以来，高校兼有教学单位、科研部门两项社会角色，产权不明晰，责任不明确，参与课题研究的人员在身份上属于事业单位编制，在待遇上又执行国家统一的工资和福利标准，并以事业费的方式单独划拨。再者，学校的主要经费来源都是政府拨款，所以高校大都采用“统一核算”的财务核算方式核算科研经费和教学经费，科研项目在使用各项设施时，仅象征性付一点管理费甚至完全不负管理费，这便不能准确反映出科研项目真正的间接费用。而国家明确规定高校科研经费开支范围只包括设备材料费、测试化验加工费、差旅费、会议费、国际合作与交流费等，而人员工资、奖金、津补贴和福利支出等是被禁止的。以上高校的做法明显与其所承担的课题任务相脱离，从而造成科研经费成本核算不准
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