微生物菌肥以其特有的肥效与功能在农业产生中占据了非常重要的地位，在果树生产中更具有无可替代的作用。以2年生红富士苹果幼树为试材，不同用量的微生物菌肥对苹果幼树生长，氮素吸收、分配、利用及果园土壤理化特性的影响，同时针对苹果花脸病毒病及腐烂病，对陕西各地施用微生物菌肥对病害防控效果进行了连年调查。
研究结果如下： 微生物菌肥与常规化学肥料配合施用，对2年生苹果幼树的生长具有明显的促进作用，树体发枝量、株高随菌肥用量的增加而增加，综合分析比较之下，微生物菌肥用量为每株550g的处理树体干径最粗，分枝长而粗，树体较高，最有利于幼树的发育生长，是2年生苹果最佳施肥量；微生物菌肥的施入，提高了树体对氮素的吸收分配能力，果树进入休眠期之前，植株各器官中氮素含量从高到低依次是：主干枝条根；2年生苹果幼园土壤有效磷含量随菌肥用量的增加而增大，碱解氮及有效钾的含量随菌肥用量的增加呈现“报酬递减”规律，总体先上升后下降，在施肥量为550g时达到最大值，以上各指标含量均随土层深度的增加而递减。 成年果园在常规施肥基础上增施微生物菌肥可明显改善果实的外观及内在品质，7年生红富士苹果园施用微生物菌肥后，果实的可溶性固形物含量提高了1.13%～1.31%，施肥量越大，可滴定酸含量越低，糖酸比越高。 连续多年施用微生物菌肥可明显改善苹果花脸病毒及腐烂病的发病情况，相同树龄，苹果花脸病的发病情况随微生物菌肥用量的增大而减少；相同管理水平条件下的腐烂病发生严重的果园，凡第一年施入沃叶微生物菌肥后，腐烂病的复发率较不用菌肥的果园低5%～15%，连续施用微生物菌肥3年以上果园，结合微生物菌剂喷干涂抹病疤，可明显改善树势，增强树体抵抗力，达到防病治病的效果。
生物菌肥（菌肥，微生物肥料)菌肥顾名思义就是菌+肥，菌就是各种有益微生物，肥可以是有机肥，也可以是氮、磷、钾、中微量元素等无机肥料，菌肥主要优势在于其含有的功能有益菌！
生物菌肥是近几年出现的一种新型的生物“肥料”，虽然叫做菌肥，但是其本质不是肥，只是通过一些工厂的手段培养的一些在土壤中有利于土壤和作物的有益菌类。
生物菌肥分类
1、固氮作用的菌肥：包括根瘤菌、固氮菌、固氮蓝藻等；
2、分解土壤有机物的菌肥：包括有机磷细菌和复合细菌等；
3、分解土壤中难溶性矿物的菌肥：包括硅酸盐细菌、无机磷细菌等；
4、促进作物对土壤养分利用的菌肥：包括菌根菌等；
5、抗病及刺激作物生长的菌肥：包括抗生菌、增产菌等