根据上述职责，省食品药品监督管理局设10个内设机构：
（一）办公室。
承担局机关日常政务工作的综合协调和检查督办；负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作以及安全保密、政务公开、来信来访、新闻发布、宣传报道、统计管理等工作；负责应急管理的组织协调；指导本系统信息化建设；负责局机关国有资产管理；指导局机关行政审批服务中心和后勤服务中心工作。
（二）政策法规处。
组织开展食品药品监督管理政策研究；拟订食品药品监督管理有关地方性法规草案和规范性文件；承担有关规范性文件的合法性审核工作；承担行政执法监督及有关行政复议、行政应诉、听证和法制宣传教育等工作；指导本系统法制建设。
（三）餐饮服务监管处。
承担餐饮服务环节食品卫生许可和食品安全监督管理工作；拟订餐饮服务环节食品安全管理规范并监督实施，承担餐饮服务环节食品安全状况调查和监测工作，发布与餐饮服务环节食品安全监管有关的日常监督管理信息；组织开展餐饮服务环节食品安全事故的处理工作。
（四）保健食品化妆品监管处。
承担保健食品许可、化妆品卫生许可及监督管理工作；承担保健食品初审和有关化妆品的初审、备案工作；监督实施保健食品标准和生产经营质量管理规范；监督实施化妆品卫生标准和技术规范；承担保健食品、化妆品广告审查与监督管理工作；承担保健食品、化妆品安全监测和风险评估工作；发布与保健食品、化妆品安全监管有关的信息；承担保健食品、化妆品检验检测机构监督管理工作。
（五）药品注册处。
监督实施国家药品标准及直接接触药品的包装材料和容器产品标准；承担药品（含医疗机构制剂）、直接接触药品的包装材料和容器、药用辅料的有关注册工作；监督实施国家中药饮片炮制规范并拟订地方规范；负责初审非处方药物；监督实施药物非临床研究、药物临床试验质量管理规范；实施中药品种保护和药品行政保护制度。
（六）医疗器械监管处。
监督实施医疗器械标准；承担有关医疗器械的注册管理工作；监督实施医疗器械临床试验、生产质量管理规范；承担医疗器械生产许可的监督管理；组织开展医疗器械不良事件监测、再评价和淘汰工作；承担医疗器械检测机构监督管理工作。
（七）药品安全监管处。
监督实施中药材生产、药品生产以及医疗机构制剂等质量管理规范；组织实施药品分类管理制度；承担放射性药品、麻醉药品、毒性药品及精神药品、药品类易制毒化学品、药源性兴奋剂等监督管理工作；承担药品生产、医疗机构制剂配制和放射性药品使用许可的监督管理；组织开展药品不良反应监测、再评价和淘汰工作。
（八）药品市场监督处。
监督实施药品、医疗器械经营质量管理规范；承担药品、医疗器械经营许可的监督管理；监督实施药品流通领域药品分类管理制度；承担国家基本药物经营的监督管理及相关制度的实施；承担药品、医疗器械广告审查与监督管理；承担互联网药品信息服务和交易行为的监督管理；承担中药材专业市场监管工作；组织开展农村药品监督网和供应网建设。
（九）财务规划处。
贯彻执行国家财经政策和法规；负责全省系统财务管理工作；拟订本系统中长期发展规划、基础设施建设规划和装备条件规划并组织实施；承担行政事业性收费项目及标准的申报、行政收费收入、罚没收入按照国家规定实行收支两条线管理等工作；承担本系统国有资产管理工作；承担对局机关财务和直属单位的审计监督工作。
（十）人事教育处。
负责全省系统的人事、机构编制管理、组织建设和队伍建设；研究拟订教育培训规划并组织实施；协助局党组对市（州）、直管市、神农架林区食品药品监督管理机构领导班子行使管理职责；组织实施奖励工作；负责药品、医疗器械、保健食品、化妆品行业执业人员资格准入、注册管理和教育培训工作；承担社团的指导工作；承担对外交流与合作工作。
机关党委负责局机关和直属单位的党群工作。设立机关党委办公室，承担机关党委的日常工作。
纪检监察机构按有关规定设置。
离退休干部处负责局机关离退休干部工作，指导直属单位的离退休干部工作。
