生活污水直接进入饮用水源、牲畜直接在水源地饮水以及牲畜的粪便也被带入到水中。如果饮用水源流动缓慢，将使藻类及浮游生物大量繁殖，使水体呈现绿色，水质受到严重污染。乡镇采矿和冶金工业的尾矿、炉渣乱堆乱放在小河沟旁，造成河道淤积、水体受污染；采用落后工艺技术的乡镇企业对自然资源地掠夺式利用对周围环境造成污染；工业生产过程中时有泄漏事故发生，对周围环境污染严重，直接或间接地影响了饮用水源的水质。对农村工业污染源的调查表明，有工业污染源的水源所占百分比较有生活污染源的水源所占百分比低得多， 一般低于 50%， 这与我国大部分农村地区工业发展尚比较落后有关。但随着社会经济的发展，工业污染源的污染饮用水水源问题会日益严重污染不仅造成许多农民的饮水困难，而且给目前已建工程的水源保护带来巨大难度。目前农村环境污染已经成为威胁广大农村居民饮水安全的主要因素，且呈不断扩大趋势。全国农村饮水不安全人口中有近一半是由于水环境污染和水源破坏造成的。