RNA的二级结构，在生物中，根本就不是一个复杂的问题。
尤其是你用的这个网站的预测，只考虑了文本，也就是RNA的AUCG四种碱基本身.考虑过它们的修饰么(RNA modification)？RNA的修饰非常多，上百种之多。实际上以当今科学界的进度，是没法计算这件事的。目前学术界研究比较多的，也只有m6A,m7G等寥寥数种罢了。
对二级结构较准确的描述，靠两种思路。一种是少而精，一种是糙而全。 前者要考虑几乎所有能接触到的修饰，只能在一些表达量特别大的RNA里玩，比如ribosome RNA。上面那张图放的就是18S ribosome的2D结构图。属于这几年在学术界没什么人玩的阵地。
后者依托于这几年发展起来的测序技术，一举估测所有可检测的RNA的结构(在实际操作中，一般是测研究所有的mRNA)。这两年算小热，玩的聪明一点就能发CNS.
(Howard Chang组13年整的一种测序方法。 本质上就是基于两套不同测序，各算一个分，然后代一个公式算Pars score, 然后用这个score反推结构. 然而并不能用来给出结构全貌. Nature12946)
何况考虑完modification，事情还远远没有完，你还得考虑结合蛋白对结构的影响. 但无论如何，RNA的结构，不管是二级还是三级还是什么四级，在生物学范畴内，都是一个很不复杂的问题...
最后，回到你的问题。以我对这种基于文本的算法的理解，你放上的这两个RNA结构，看起来很普通。越长的RNA二级结构看起来就越"复杂"，而且就算得越不准。
原核生物mRNA一般5′端有一段不翻译区，称前导区，3′端有一段不翻译区，中间是蛋白质的编码区，一般编码几种蛋白质。真核生物mRNA（细胞质中的）一般由5′端帽子结构、5′端不翻译区、翻译区（编码区）、3′端不翻译区和3′端聚腺苷酸尾巴构成。分子中除m7G构成帽子外，常含有其他修饰核苷酸，如m6A等。真核生物mRNA通常都有相应的前体。从DNA转录产生的原始转录产物可称作 原始前体（或mRNA前体）。一般认为原始前体要经过hnRNA核不均一RNA的阶段，最终才被加工为成熟的mRNA。
通常mRNA（单链）分子自身回折产生许多双链结构。原核生物，经计算有66.4%的核苷酸以双链结构的形式存在。真核生物mRNA也具有丰富的二级结构，折叠起来的mRNA二级结构有利于蛋白质合成的启动，以后mRNA处于伸展的状态则有利于转译的继续。
Messenger RNA (mRNA）——信使核糖核酸
携带遗传信息，在蛋白质合成时充当模板的RNA。
从脱氧核糖核酸（DNA）转录合成的带有遗传信息的一类单链核糖核酸（RNA）。它在核糖体上作为蛋白质合成的模板，决定肽链的氨基酸排列顺序。mRNA存在于原核生物和真核生物的细胞质及真核细胞的某些细胞器（如线粒体和叶绿体）中。
原核生物和真核生物mRNA有不同的特点：
①原核生物mRNA常以多顺反子的形式存在。真核生物mRNA一般以单顺反子的形式存在。
②原核生物mRNA的转录与翻译一般是偶联的，真核生物转录的mRNA前体则需经转录后加工，加工为成熟的mRNA与蛋白质结合生成信息体后才开始工作。
③原核生物mRNA半寿期很短，一般为几分钟 ，最长只有数小时（RNA噬菌体中的RNA除外）。真核生物mRNA的半衰期较长， 如胚胎中的mRNA可达数日。
④原核与真核生物mRNA的结构特点也不同。
