苹果腐烂病发生轻重与树势强弱、果园的病菌数量、当年的气候条件、伤口等因素有密切关系。栽培管理不当和周期性冻害导致的树势下降是苹果树腐烂病严重发生的根本原因。栽培管理不当主要指负载过重、施肥尤其是秋季施基肥不足和偏施氮肥等。
气候条件：在各种气候因素中，冻害与该病的关系最为密切。冻害使树体抗病性降低，树体发生冻害之年，往往是该病大发生之年。另外，不同地区土层结冻的深度和时间不同，对该病发生也有直接影响。长江以南果区，土层不结冻，根系活动时间长，树体营养状况好，基本上不发生腐烂病；长江以北果区，越往北土层结冻越早，解冻越迟，根系活动期越短，该病也就越严重。（2）树势：腐烂病是一种典型的潜伏侵染病害，腐烂病的发生与树势强弱密切相关。树势强壮时，抗侵入及抗扩展能力强，病菌处于潜伏状态，虽然树体带菌，但很少发病；树势衰弱时，抗扩展能力急剧降低，潜伏的病菌迅速扩展蔓延，导致该病严重发生。导致树体衰弱的主要原因：一是树龄偏大；二是其他病虫害引起的早期落叶导致合成障碍；三是超负荷挂果后导致树体急剧衰弱。
幼龄树壮，发病轻；老龄树体相对较弱，发病重；这主要与营养条件影响树势有关。大年的果树或果园，当年秋、冬季和翌春的腐烂病发生较常年多，持续时间长，危害重；小年，腐烂病发生较轻。施肥合理，尤其是增施钾肥，能够提高抗病力，发病较轻；施肥不合理，尤其是缺肥或偏施氮肥，降低抗病能力，发病较重。
树势衰弱的树体愈伤能力差，愈伤组织形成慢，有利于病菌从伤口侵入并在组织内扩展；同时，这类树体落皮层形成晚，不易翘起脱落，常与皮层粘连，落皮层上病菌易于突破周皮，向内侵染并在皮下定殖。此外，弱树易受冻害，易发生日灼，从而加重该病的发生程度。树体愈伤能力除受营养因素影响外，树体含水量是个重要条件，枝条含水量在正常及饱和（80%～100%）时，病斑扩展缓慢；而枝条失水（67%以下）时，病斑扩展迅速。枝条含水量正常时，愈伤组织形成较快；枝条失水时，愈伤组织形成较慢。
（3）伤口：腐烂病菌主要通过伤口侵入，尤其是带有死亡组织的伤口最易遭受侵染。向阳面枝干容易发生日灼，日灼后腐烂病加重。果树受自然雹伤及虫伤等伤害，容易发生腐烂病。腐烂病常常伴随果树整形修剪不当或修剪过重，致使树体伤口过多，树势衰弱而发生和发展。
（4）病菌数量：果园中病菌基数高，传播蔓延快，加重病害发生。不及时刨除死株及去除病死枝，或将病树、病枝在果园中堆积存放，会明显增加果园中的病菌基数。重病园中常有明显的发病中心，该病的发生发展常有成片发生、连续蔓延的趋势，病株、病残体堆积场地常常成为病害的重灾区。