1946年8月23日出生于浙江省余姚县（今慈溪市桥头镇）。
1962年毕业于培进中学（即上戏附中）。
1966年毕业于上海戏剧学院戏剧文学系。 在“文革”灾难时期，针对以“样板戏”为旗号的文化极端主义，潜入外文书库建立了《世界戏剧学》的宏大构架。灾难方过，及时出版，至今三十余年仍是这一领域唯一的权威教材。
1975年—1976年在恩师盛钟健先生的帮助下，到浙江奉化县一所半山老楼里苦读中国古代文献，研习中国古代历史文化。
1980年，陆续出版了《戏剧理论史稿》《中国戏剧文化史述》《戏剧审美心理学》，《艺术创造工程》以及《Some Observations on the Aesthetics of Primitive Theatre》等一系列学术著作。先后荣获全国戏剧理论著作奖、上海市哲学社会科学著作奖、全国优秀教材一等奖。
1985年成为当时中国大陆最年轻的文科教授。
1986年，被文化部副部长英若诚提名，破格任命为上海戏剧学院副院长，上海市写作学会会长，上海市委咨询策划顾问，并被授予“上海十大学术精英”称号。
1987年余秋雨到甘肃联合大学讲学，开办了戏剧创作班，成为联大的教授。
1987年被授予“国家级突出贡献专家”的荣誉称号，享受政府特殊贡献津贴。 二十世纪八十年代中期，被推举为当时中国内地最年轻的高校校长，并出任上海市中文专业教授评审组组长，兼艺术专业教授评审组组长。曾获“国家级突出贡献专家”、“上海十大高教精英”、“中国最值得尊敬的文化人物”等荣誉称号。在担任领导职务六年之后，连续二十三次的辞职终于成功，开始孤身一人寻访中华文明被埋没的重要遗址。所写作品，轰传社会各界，既大力推动了文化古迹保护，又开创了“文化大散文”的一代文体，模仿者众多。
1992年余秋雨辞去上戏院长职务，由胡妙胜接任院长。
1999年之后主持香港凤凰卫视对人类各大文明遗址的历史考察，贴地穿越数万公里考察了巴比伦文明、克里特文明、希伯来文明、阿拉伯文明、印度文明、波斯文明等一系列最重要的文化遗址。成为目前世界上唯一贴地穿越数万公里危险地区的人文学科教授，也是9.11事件之前最早向文明世界报告恐怖主义控制区域实际状况的学者。他是迄今全球唯一完成此举的人文学者，一路上对当代世界文明作出了全新思考和紧迫提醒，在海内外引起广泛关注。
2004年底，被联合国教科文组织、北京大学、中华英才编辑部等单位选为“中国十大艺术精英”和“中国文化传播坐标人物”。
2011年9月16日，余秋雨重返甘肃联合大学，学校特聘他为甘肃联合大学荣誉教授。
2012年9月11日，余秋雨正式通知日本方面，鉴于日本政府在钓鱼岛问题上的种种作为，决定拒绝出席9月22号在日本召开的中日邦交正常化40周年研讨会。余秋雨原本准备在会上发表一篇有关中华文明数千年来“非侵略、非远征、非扩张”的学术报告，并以此来对比其他文明。
2013年6月22日，余秋雨到云南曲靖讲学，受聘为曲靖师范学院荣誉教授。
20世纪以来，以独立知识分子的身份完成了“空间意义上的中国”、“时间意义上的中国”、“人格意义上的中国”、“审美意义上的中国”等重大专题的研究和著述。联合国科教文组织、北京大学等机构一再为他颁奖，表彰他“把深入研究、亲临考察、有效传播三方面合于一体”，是“文采、学问、哲思、演讲皆臻高位的当代巨匠”。
本世纪初年开始，赴美国国会图书馆、联合国总部、哈佛大学、耶鲁大学、哥伦比亚大学等处演讲中国文化，反响巨大。上海市教育委员会颁授成立“余秋雨大师工作室”，中国艺术研究院设立“秋雨书院”。现任上海图书馆理事长、澳门科技大学人文艺术学院院长。
