1、胃肠因素
一些消化系统疾病，如消化不良、胃炎、胃溃疡、十二指肠溃疡、结肠炎、便秘等疾病，由于久治不愈等原因，都有可能会诱发胃肠功能紊乱。
2、饮食原因
不良的饮食习惯，暴饮暴食，工作等原因不吃早餐，食无定时，过饱或是过度饥饿，促使胃肠道蠕动的紊乱，最终导致胃肠功能紊乱的发生。
3、心理因素
心理因素是诱发胃肠功能紊乱最主要的原因，经常是紧张、压力过大、情绪的变化直接的影响着人体器官的功能变化，其中表现最明显的就是肠胃，不良的情绪刺激大脑皮层，导致下丘脑功能的紊乱，通过植物神经系统也好影响胃肠道功能。
4、药物因素
如果长期食用对消化道黏膜产生刺激的药物，也可能造成胃肠疾病及胃肠功能紊乱，从而导致“肠胃不好”、“肠胃不适”。
5、遗传因素
遗传导致胃肠疾病及胃肠功能紊乱的案例在临床中也有偶发。
胃肠功能紊乱的症状表现
1、胃肠功能紊乱起病多缓慢，临床表现以胃肠道症状为主，胃神经官能症的患者多表现为：反酸、嗳气、厌食、恶心、呕吐、剑突下灼热感、食后饱胀、上腹不适或疼痛，每遇情绪变化则症状加重。肠神经官能症又称肠易激综合征，为胃肠道最常见的功能性疾病。
2、以肠道症状为主，患者常有腹痛、腹胀、肠鸣、腹泻和便秘、左下腹痛时可扪及条索状肿物，腹痛常因进食或冷饮而加重，在排便、排气、灌肠后减轻。腹痛常伴有腹胀、排便不畅感或排便次数增加，粪便可稀可干等症状。过去称此为结肠功能紊乱、结肠痉挛、结肠过敏、痉挛性结肠炎、黏液性结肠炎、情绪性腹泻等。
3、起病大多缓慢，病程常经年累月，呈持续性或有反复发作。临床表现以胃肠道症状为主，可局限于咽、食管或胃，但以肠道症状最常见，也可同时伴有神经官能症的其他常见症状。
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