德国在 1939年9月尾并吞了
波兰以后，
纳粹德国将它们国内和
奥地利的犹太人集中在波兰的内陆﹐称为“普通政府”的地区。犹太人被放置在“强制性犹太人居住区”之内。最大规模的“强制性犹太人居住区”是位于华沙。在华沙的犹太人被迫在1940年11月15日前搬迁到被指定为犹太人的地区和将这个地区密封。继低地国家，法国，波罗的海国家和
南斯拉夫受到纳粹德国的占领，更多犹太人处在纳粹德国的控制范围内。 纳粹大屠杀由1941年6月22日，德国偷袭苏联开始以后，德国
盖世太保跟随德军，对住在苏联乡区的犹太人作出大规模的大屠杀。盖世太保最初的杀人方法是用手枪射杀，然后把他们的尸体埋葬在万人坑里面。但是柏林想出了更有“人道”的杀人方法来减低秘密警察的压力。这个方法是用毒气杀人。初时秘密警察只用汽车的废气来杀
犹太人。但是在1942年起德国采用了氰化氢(Hydrogen Cyanide Gas)来有效地杀死最多犹太人。 在1941年12月，德国在波兰兴建6个杀人的集中营。当中的地点包括奥斯威辛和特雷布林卡。这些地点被选择的原因是因为它们都是铁路的交汇点，以及它们都不是军事上重要的地点。所以，
纳粹党可以秘密地进行这个杀人计划。 1942年1月20日的万湖会议，落实“犹太人问题的最后解决方法”以后，纳粹德国开始用这些集中营来杀犹太人。用货车车厢，犹太人被运到这6个杀人的集中营。在奥斯威辛集中营，被运到的犹太人会经过一个挑选过程。可以做苦工的男性会被送到苦工营，而其他的会被送到毒气室。被送入的犹太人以为他们是被送到浴室，但是入到浴室的时候，他们才知道“浴室的莲蓬头只会放出毒气”（此为一般人或电影的错误认知，德国人是将一种被称为Zyklon B的氰化氢金属桶从管道掷入毒气室中，桶中的氰化氢在室温中即挥发为毒气）。其他的集中营只有杀人的任务而没有苦工营的。 在1944年，当德国知道它们的气势已尽的时候，它们加快集中营杀人的速度。当中包括被德军占领的
匈牙利。 当盟军在1945年初解放波兰时，它们发现到这些杀人的集中营。整个
二战中，大约580万欧裔犹太人被纳粹德国杀死,是欧洲犹太人人口的三份之二。纳粹德国也有系统的杀死欧洲的吉普赛人、同性恋者、欧洲东线的敌军和其他异见人士，当中只有犹太人及吉普赛人只因种族原因被屠杀。