Y染色体一直在变短，最后会消失。Y染色体不断缩短，基因流失越来越多，未来可能成为人类繁衍的障碍，但在自然界中，却能发现Y染色体已经再次消失，但在哺乳动物中仍然活跃，X、Y性染色体最初与人体其他常染色体一样，能够形成较为完美的配对，但由于基因突变，Y染色体在进化过程中不断缩小，以至于现在只有X染色体长度的三分之一，并且包含的基因从数千个减少到50个。
如果这种趋势继续下去，Y染色体可能真的会消失。人类繁殖的过程就是修复染色体的过程。22对常染色体和1对性染色体完美地提供了人体所需的所有基因。然而，Y性染色体的作用相对有限，无论是碱基对还是基因的数量都远远少于X性染色体。随着Y染色体的不断缩短，越来越多的基、Y性染色体最初与人体其他常染色体一样，能够形成较为完美的配对，但由于基因突变，Y染色体在进化过程中不断缩小，以至于现在只有X染色体长度的三分之一，并且包含的基因从数千个减少到50个。因被丢失，这可能成为未来人类繁殖的一个障碍。然而，在自然界中，我们可以找到Y染色体消失但仍然活跃的哺乳动物，它们的性别调节是由多个染色体共同完成的。
支持Y染色体最终消失的人认为，从长远来看，Y染色体将不可避免地消失，但可能比预期的时间更长。因此，人们认为男性在未来不会因为Y染色体的缩短而消失。即使男性消失，女性也可能通过克隆技术产生后代，所以不会导致人类的灭亡。事实上，这些性染色体在成为性染色体之前也是常染色体。它们大约在3亿年前进化成性染色体，之后这两条染色体的命运发生了分歧。
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