龙眼叶枯病是由两种不同的病原真菌引起，分别是龙眼拟茎点霉（Phomopsis longanae P.K.Chi et Z.D, Jiang）和桂圆拟茎点霉（Phomopsis quiyuan C.F. Zhang P.K.Chi）。这两种真菌都属于半知菌亚门。
龙眼拟茎点霉的分生孢子器呈扁球形，黑色，壁非常厚。它的分生孢子有两种类型：甲型分生孢子是椭圆形或纺锤形，无色且单胞，内部包含两个油球；乙型分生孢子则呈钩状，无色，大小在12微米×0.8~1.2微米之间。
而桂圆拟茎点霉的分生孢子器同样扁球形，其分生孢子有两种形态：甲型为长椭圆形，无色，两端近尖，内含两个油球；乙型分生孢子无色，呈钩丝状，大小为22.5~50微米×1~1.5微米。
这两种病菌的发病特点是，它们以分生孢子器的形式在病叶或落叶上过冬。春季气候适宜时，病叶上会产生大量的分生孢子作为初次侵染的来源，通过风力传播到新梢上，然后开始侵染和为害。
在夏季高温多雨的季节，龙眼叶枯病通常会加重，严重时可能导致大面积落叶。此外，栽种管理不善、果园排水不良、荫蔽且潮湿的环境更容易促使病害的发生和扩散。
龙眼褐色叶枯病（Phomopsis Longanae）和灰色叶枯病（Phomopsis guiyuan）是龙眼常见的叶片病害，在我省广州、从化、中山、高州、汕头、惠州等市均有发生。