（一）市排水管理处
职能：负责制定全市排水监督管理方面的政策、标准及有关规范；组织编制排水专业规划；负责全市污水处理费的征收管理工作，制定运营服务费的支付标准；负责全市污水处理的特许经营授权，监督管理全市排水设施运营企业，并对其日常运营维护服务质量进行考核；负责特区内排水设施验收、建设项目施工方案审批、拆迁或移动排水设施审批工作；指导、协调、监督各区排水管理工作。
（二）市节约用水办公室
职能：1、贯彻国家、省、市有关计划用水、节约用水的法律、法规和方针、政策，结合本市实际，拟定节约用水的规章制度和管理办法，经批准后组织实施;2、会同有关部门编制节约用水规划和各类用水定额，经批准后组织实施;3、管理用水单位的水量平衡测试工作;4、审查建设项目的用水节水评估报告，组织节约用水设施的竣工验收;5、负责污水、中水、海水和雨水等非传统水资源利用的规划、管理工作;6、负责计划用水管理工作，并对超定额、超计划用水加价收费的征收进行监督管理；拟定超计划加价费用的年度使用计划，经批准后组织实施;7、组织节水产品、器具及节水新技术的推广、应用，开展节约用水的宣传、教育和节水型城市的建设工作;8、指导各区节水管理工作，受理有关投诉、行政复议等。
（三）市水政监察支队
职能：1、贯彻执行国家、省、市有关水务管理的法律、法规和规章，依法纠正和查处违法行为；2、组织协调并负责处理全市重大、统一的行政执法活动；3、指导协调、监督检查各区水务行政执法工作；4、负责市政府交办的其他执法工作。
（四）市水务局财务管理中心
职能：1、负责对市水务局非财政拨款单位的财务进行集中会计核算（记帐、报帐、对帐）和结算，定期进行财务分析，提供会计报告；2、负责办理纳入集中核算单位的工资统发手续和各类款项的支付手续；3、负责为纳入集中核算单位编制年度经费预算提供业务指导，组织审核和编报各单位年度经费预算；4、协助纳入集中核算单位做好资金收支管理,负责对各单位财务预算执行情况进行监督，为纳入集中核算单位提供其他财务服务。
（五）市水务工程建设管理中心
职能：负责市政府投资水务工程项目的组织实施和监督管理工作。
（六）市防洪设施管理处
职能：负责管理和维护深圳经济特区内的防洪设施，即已建防洪水利工程（河道、防洪排涝泵站、滞洪区、水闸等）。
（七）市东江水源工程管理处
职能：深圳市东江水源工程管理处为东部引水工程正常运行提供管理保障。供应原水（未加工的天然水）。已建水利工程日常维护、泵站机电设备运行管理、运行安全监测。
（八）市铁岗·石岩水库管理处
职能：负责铁岗水库、石岩水库和茅洲河提水泵站、塘头抽水泵站、库区涵养林及配套水务工程设施的建设、运行、维护、管理工作。
（九）市北部水源工程管理处
职能：负责观澜河引水工程、茜坑水库、龙茜供水工程以及北线引水工程的建设、管理、运行和维护工作。
（十）市大鹏半岛水源工程管理处
职能：负责大鹏半岛水源工程的建设、管理、运行和维护工作。
（十一）市水务工程质量监督站
职能：负责全市水务工程（包括配套、辅助、附属工程）的质量监督工作。
（十二）市水质检测中心
职能：负责原水、城市供水（含二次供水）及污水处理厂进厂、出厂水质检测工作。
（十三）市西丽水库管理处
职能：负责西丽水库、长岭皮水库、石塘引水渠、长（岭皮）西（丽）引水渠和红木山水库等工程的管理维护和水资源保护工作，为深圳市城市供水、城市防洪提供保障。
（十四）市梅林水库管理处
职能：为已建水利工程正常运行提供管理保障。负责梅林水库工程运行管理，水库资源保护。
（十五）市三洲田·铜锣径水库管理处
职能：负责三洲田水库和铜锣径水库的建设、管理、维护和水源保护工作；负责三洲田水厂、三洲田电站、大康泵站的管理和维护，保证横岗、龙岗、坪山、华侨城三洲田投资有限公司的源水、自来水供应和发电工作。
