专家指出，在正规专业的医院中，其实只要掌握适应症、注意禁忌症，肠镜检查觉得是安全的。但是如果患者没有选择正规的专业医院进行检查，可能就会产生一些不安全的现象，最典型就是肠穿孔。它有两种形式：一种是微小穿孔，它是由息肉切除时电灼器过热烧灼所致的，可以通过密切观察，饮食控制，和抗生素应用而治愈，通常不需要手术。另一种是在肠道弯曲严重的地方进行结肠镜下治疗操作时发生的较大穿孔，虽然极为罕见，但一旦发生，需立即手术探查和修补，在严重的情况下，可能需要临时造口。
无痛肠镜能让患者免除插镜引起的排便感，充气后引起的腹胀，牵拉肠壁引起的腹痛和恶心等不适，广受患者欢迎。但是任何事物都有两面性，痛觉其实是一种避免更大伤害的保护机制。试想，一个没有痛觉的人，手握烙铁到手烧烂都不会放开。患者在清醒的时候，如果我们充气太多，肠管过度拉伸、肠镜起攀等情况下患者都会喊腹胀腹痛，我们会及时的吸气、推镜、解攀、操作医生的手势会减轻甚至暂停，但是在病人被麻醉后没有和病人的交流，内镜医生可能气会多充气，会滑镜，会在带攀的情况下继续插镜，这样会增加肠穿孔的风险，或者系膜受到过度牵拉导致系膜损伤。根据各家大医院内窥镜大夫的反馈，自从无痛肠镜广泛开展以来，肠镜引起的缺血性肠病明显增加，一般表现为无痛肠镜尤其是小肠镜后一周左右，出现腹痛腹泻便血，再次肠镜表现为肠黏膜水肿，粘膜下出血，部分粘膜坏死、溃疡等。这是因为无痛肠镜时患者不能给予医生有害信息反馈，患者肠管曲度大，医生手势重，导致系膜过度牵拉引起系膜血管损伤，导致肠道缺血。所以，无痛肠镜不宜过度使用，当然医生的手势轻柔、熟练程度也都很有关系。
1、即使是无痛肠镜，病人不会喊疼，操作医生也尽可能的少给气，明视下操作，操作轻柔，不带攀进镜。
2、无痛肠镜结束后患者如果腹痛难仍，要想到肠穿孔的可能，急诊拍腹平片，不能大意造成感染性休克等更严重的后果。
所谓无痛胃肠镜就是在麻醉下进行胃肠镜的检查，一般认为无痛胃镜很有必要，但是无痛肠镜有利有弊。为什么这样说，做胃镜的时候，患者一般会觉得反应很大，腹胀，恶心，呕吐，严重时影响检查的顺利进行，因此使用无痛胃镜既可以让患者避免痛苦，医生也可以安心仔细检查，避免遗漏病变；而做肠镜，患者在清醒状态下接受检查可以与医生配合，改变体位、呼吸等等，并且如果医生操作技巧得当，90％以上的患者不会有明显的痛苦就能够完成检查，另一方面，如果做无痛肠镜，在麻醉状态下，患者不能配合，有时反而加大了医生操作的难度，发生并发症的几率也会有所增加，因此个人认为只有极少部分粘连严重或结肠冗长，操作困难的患者需要做无痛肠镜。
