蜡样芽胞杆菌与少数食物中毒有关，涉及恶心、呕吐和腹痛等症状。错误烹调和不当冷冻导致孢子残留在食物上，细菌繁殖产生肠毒素。食用含毒素食物后，患者可能经历呕吐、腹泻等不良反应。多种食物可能引发腹泻，潜伏期为8至16小时，随后引发症状。另一种潜伏期较长的蜡样芽胞杆菌食物中毒，与产气荚膜梭菌造成的病症相似。冷藏不当的剩饭是引起呕吐症状的主要原因。食用变质食物1至5小时后，患者可能经历恶心、呕吐。呕吐综合症并非由蜡样芽胞杆菌标准产物造成，而是一种名为cereulide的毒素，仅在引发呕吐的类型中发现。cereulide是一种由非核糖调控缩氨酸综合(NRPS)产生的dodecadepsipeptide，存在于pCERE01或是pBCE4810质体上。有趣的是，这些质体与炭疽杆菌中的pXO1质体构成相似，pXO1编码毒素基因，但位于不同的致病岛上。蜡样芽胞杆菌的牙周分离同样具有不常见的类pXO1质体。
蜡样芽孢杆菌是芽孢杆菌属中的一种，1950年首次在挪威报告，与人类的密切关系是会引起食物中毒，中毒者症状为腹痛、呕吐腹泻。