尽管肉毒杆菌毒素在除皱方面有一定功效，但其使用过程中也伴随着一些潜在的并发症和副作用。首先，注射部位可能出现头痛，如在额部或眼角处注射不当，可能导致睑下垂和复视，甚至闭眼不全。剂量的不准确可能导致面部不对称，一侧注射过多或过少。有时，针尖刺破血管会引起局部出血或血肿。频繁或大剂量注射可能会触发免疫复合物疾病。肉毒杆菌会导致肌肉麻痹，影响面部表情，给人一种假面具般的感受。极少数情况下，病人可能会出现过敏性休克的风险。
初次治疗后的一周，医生会进行复查，以评估治疗效果和是否出现并发症。根据复查结果，可能需要对个别患者进行补充注射，以找到最适合的剂量。在注射前后，有一些注意事项需要注意：患者需在治疗前14天停止使用阿司匹林类药物，注射当天避免使用化妆品，注射后要避免按摩注射部位，以防止毒素扩散。
值得注意的是，这种美容手段对演员的职业生涯也可能产生影响。由于肉毒杆菌可能导致肌肉僵硬，许多导演已经不再考虑让施打了肉毒杆菌的演员参与表演，因为他们无法展现出正常的情感表达，即使外表看似完美，也无法传达角色的情感。
肉毒杆菌是一种生长在缺氧环境下的细菌，在罐头食品及密封腌渍食物中具有极强的生存能力，是目前毒性最强的毒素之一。肉毒杆菌是一种致命病菌，在繁殖过程中分泌毒素，是毒性最强的蛋白质之一。军队常常将这种毒素用于生化武器。人们食入和吸收这种毒素后，神经系统将遭到破坏，出现头晕、呼吸困难和肌肉乏力等症状。