申请高新技术企业认定的流程可以归纳为以下几个步骤：
1、企业自我评价及申请
企业首先需要对照《高新技术企业认定管理办法》进行自我评价，认为符合条件的，可提出认定申请。
2、注册登记
企业需要在“高新技术企业认定管理工作网”（网址）进行注册登记，并获取系统注册号。
3、提交申请材料
企业继续在该网站按要求填写《高新技术企业认定申请书》 ，并通过网络系统提交至认定机构。需要准备以下主要材料：
（1）高新技术企业认定申请书；
（2）证明企业依法成立的相关注册登记证件（如企业营业执照副本、税务登记证等）；
（3）知识产权相关材料、科研项目立项证明、科技成果转化、研究开发的组织管理等相关材料；
（4）企业高新技术产品（服务）的关键技术和技术指标、生产批文、认证认可和相关资质证书、产品质量检验报告等相关材料；
（5）企业职工和科技人员情况说明材料；
（6）经具有资质的中介机构出具的企业近三个会计年度研究开发费用和近一个会计年度高新技术产品（服务）收入专项审计或鉴证报告，并附研究开发活动说明材料；
（7）经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务报表（含资产负债表、损益表、现金流量表，实际年限不足三年的按实际经营年限）；
（8）近三年企业所得税年度纳税申报表。
4、合规性审查
认定机构会对申请材料进行合规性审查，并可能组织专家进行评审。
5、认定、公示与备案
认定机构结合专家组评审意见，对申请企业进行综合审查，提出认定意见并在中国高新技术企业认定管理工作网公示10个工作日，无异议的，报领导小组办公室备案，在“高新技术企业认定管理工作网”上公告认定结果，并向企业颁发统一印制的“高新技术企业证书”。
高新技术企业是什么
高新技术企业是指在《国家重点支持的高新技术领域》内，进行持续的研究开发与技术成果转化，形成企业核心自主知识产权，并以此为基础开展经营活动的居民企业。这些企业是中国在一些重点技术领域内，通过开展持续的研究开发与技术成果转化，形成企业核心自主知识产权，并以此为基础开展经营活动的居民企业。