海运集装箱运输流程有：出口拖运、原产地处理、出口报关、海运、进口清关、目的地处理、进口运输。
1、出口拖运
国际海运的第一步是出口拖运，这涉及货物从托运人到货运代理经营场所的转移。对于货量较少的货物，货运代理会选择将其运到出口集运中心（原产地仓库），等待集中托运。出口拖运通常会选择公路（通过卡车）、铁路或组合运输，至于费用方面，一般由托运人支付，但也可以协商下，由收货人支付。
2、出口报关
对于每件即将离开国家的货物，都要办理相关手续以满足监管要求。报关是一种制定申报并将所需文件提交给海关的过程，只能由有报关资质且获得海关认可的公司（即所谓的报关行）进行。
3、原产地处理
原产地处理，包含了从在原产地仓库接收货物到装船的所有货物的物理处理和检查。虽然其中涉及很多工作，但这些都由货运代理协调负责。简单的说，货代当收到货物后，会对其检查（理货）、计划装载、与其他货物合并、装入集装箱并运输到出口港口，再将其装到船上。在这些过程中，所产生的费用由托运人或收货人来支付。
4、海运
这一环节是由货运代理与船公司签订集装箱运输合同，这种情况下托运人或收货人是无法与船公司取得直接联系。至于海运费，则由托运人或收货人承担。不过需要注意的是，这其中包含各种附加费，例如燃油附加费、货币贬值附加费等等，统统由托运人或收货人来承担。
5、进口清关
进口清关通常是在货物到达目的地国之前开始。进口清关由货代或收货人指定的报关行办理，制作申报单，并连同相关文件一起向当地海关申报，办理海关规定的各项手续。一般而言，进口清关程序必须在货物离开目的国保税区之前完成。
6、目的地处理
货物在目的国也需进行处理，然后才能放货给收货人。目的地处理包括把集装箱从船上转移到岸上，从港口转移到货运代理在目的国的仓库。还包含集装箱卸货和货物准备，以便收货人提取。注意，一般情况下，必须支付完所有的费用后才能收货，至于费用支付方，可以是托运人也可以是收货人。
7、进口运输
国际海运最后一步就是将货物交给收货人。一般来说，由货代或者收货人指定的运输公司，将货物从货代的仓库运到指定的收货地址，但具体卸货由收货人来完成。当然了，也可以支付额外的费用，让货代或者运输公司来操作。
