基肥，一般叫底肥，是在播种或移植前施用的肥料。在翻耕时，将有机肥均匀施入，随着翻地将肥料翻入土中，这种方法简单，易操作，能够起到很好的改良土壤的目的，但于其均匀施入土壤，不能全部甚至大部分接触根系从而被根系利用，因此，肥料利用率这势必造成多余的浪费，带来一定的经济损失，其次也容易产生土壤障碍。因此该方法比适合于种植密度大的作物。
有机肥用作追施的方法有土壤深施和根外追肥两种。土壤深施一般将有机肥施在根系密集层附近，施后覆土，以免造成养分挥发损失。根外追肥是将堆肥与10倍的水混合均匀，静置后取其上清液，借助喷雾器将肥料溶液喷洒在作物叶面，以供叶面吸收。
种肥的施用方法有多种，如拌种、浸种、条施、穴施等。拌种是用少量的清水，将有肥溶解或稀释，喷洒在种子表面，边喷边拌，使肥料溶液均匀地沾在种子表面，阴干后播种的一种方法。浸种是把肥料溶液溶解或稀释成一定浓度的溶液，按液种1:10的比例，把种子放入溶液中浸泡12~24h，使肥料液随水渗入种皮，阴干后随即播种。开沟或挖穴后将肥料施入耕层3~5cm的沟、穴中，再在肥带附近播种，种肥距保持在3cm以上。用作种肥肥料要求养分释放要快，不能过酸、过碱，肥料本身对种子发芽无毒害作用，堆制后充分腐熟的有机肥是很好的种肥。
充分腐熟的有机肥料，分释放均匀，养分全面，是育苗的理想肥料。一般以10%的发酵充分的发酵有机肥料加人一定量的草炭、蝇石或珍珠岩，用土混合均匀做育苗基质使用。
全层施入是将有机肥撒满地表，通过耕地使有机肥施入全土层中，这种施肥方法在有机肥较多(每亩4000~6000kg)或者作物密度较大的情况下可以应用。集中施入土壤中就是通过开沟把堆肥施入作物的根系附近，这种施肥方法在肥料较少（每亩1500~3000kg)和土壤肥力比较低的情况下，值得采用。