京杭运河地处我国黄、淮、海冲积平原东部边缘地带及长江三角洲的里下河地区、太湖流域两大碟形洼地之内。沿运地势具有三起三伏的特点，起伏之差一般在20～40m之间。北京至天津段，距离虽短，却高差悬殊，本段系京杭运河的第一降落段。通惠河河底平均高度约30m，（该高度指高出废黄零点高度），
通县河底高约20m，天津市
海河河底高度则为 3m，北京至天津段河床高差可达33余米。天津往南地面逐渐隆起，到黄河现道止，为第一隆起段。
临清河底高25m，从天津到临清，河床高度相差28m。
大运河穿过黄河现道之处，是京杭运河最高地点，可视为京杭运河在黄淮之间的分水岭，穿黄处河底高38m。从天津市至穿黄处，京杭运河河床高度相差41m。运河过黄河到南旺以南，地面高度又逐渐降落，直到长江为止，为京杭运河第二降落段。济宁河底高31m，
淮阴河底高4m，在穿过长江处，河底高度为-15m。长江以南，运河河床又逐渐隆起，到丹阳北部为最高点，这是第二隆起段，是江南运河的分水岭。丹北分海拔高程30～40m，相对高程仅20m左右，河底高程约8m左右，至无锡崇德河底高程下降为-7m，这是第三降落段。