之所以被称为“百戏之祖”，是因为昆曲是历史最长的戏种之一，从明中期开始兴盛，在清中期之前都是影响力最大的戏种，所以包括京剧在内，绝大多数剧种都受了昆曲的影响。若细论昆曲的来由，那要追溯到600多年前，那时在浙江有一种地方戏叫“南戏”，南戏与其他地方戏融合，形成了独特的昆山腔，昆山腔经过改革变成了昆曲。
在1200年前后，浙江永嘉突然兴起了一种独特的地方戏，形式比较随意，因为内容活泼、形式自由，很受当地百姓的欢迎。由于曲调主要是南方的民歌、小调之类的民间音乐，所以叫做“南戏”。但是正因为南戏太不走寻常路，所以一直不被视为高雅的艺术，只流行于民间。
在这几百年的时间里，南戏的内容渐渐丰富起来，像高则诚这样的上层知识分子被南戏吸引，参与了南戏剧目的创作，南戏成功登堂入室。而朱元璋将南戏带入皇宫，更是极大提高了南戏的地位。
南戏在南方的流传过程中，结合了江苏昆山的独特音乐与吴侬软语，形成了独特的昆山腔，当时除了昆山腔还有其他三腔，但是随着时代的发展，只有昆山腔还留存于世。昆山腔在江浙一带影响很大，其他地方戏几乎都受了它的影响。
1489年，昆曲的奠基人魏良辅出生，他在艺术领域的影响要远大于他在政治上的作为。魏良辅喜欢听戏，更喜欢唱戏，他最喜欢的就是四腔之一的昆山腔。但是在他看来，昆山腔的唱法太过于单调，于是他和友人们一起，将南戏北戏的唱腔都融入到昆山腔中，形成了一种“启口轻圆、收音纯细”的细腻唱腔，也就是昆曲。
昆曲出现之后，所向披靡，成为当时流行榜的TOP1，还是几百年连冠，在这个过程中，昆曲进一步发展，在艺术上达到了巅峰，出现了《牡丹亭》之类艺术性绝妙的剧本，昆曲几乎垄断了戏剧市场。
虽然乾隆之后，昆曲逐渐走向没落，但是它在唱念坐打各方面都对其他戏剧产生了影响，特别是比它晚出现的京剧、越剧等戏种，在形成过程中吸收了昆曲的特点，将其化为己用。因此，昆曲还有这“百戏之祖”的美誉。