在《本草纲目》所载的全部药物中，有324种是李时珍新记的｡记有植物药1089种，除去有名未用的153种以外，实有936种｡还记有动物药400余种｡分列“释名､集解､正误､修治､气味､主治､发明”等项加以说明｡
这部著作的重要意义在于分类更倾向自然性，用起来也方便;形态描述更详细､准确，同时还纠正了不少以前的讹传和不实之词｡
《本草纲目》将药物分成水､火､土､金石､草､谷､菜､果､木､服器､鱼､鳞､介､禽､兽､人16部｡各部又细分为子类｡如在草部下就分为山草､芳草､隰草､毒草､蔓草､水草､石草､苔､杂草､有名未用等类｡
从这个分类来看，李时珍完全摒弃了上､中､下三品分类法，采用的分类依据是习性､形态､性质､生态等｡他对药物的考察非常深入仔细，常将具有相似疗效的植物排列在一起，说明他工作的深入｡
李时珍详细地阅读过大量本草文献，并亲自对许多药物进行过细致观察，因此他在药用动植物形态描述方面通常比前人的详尽｡这在指导人们寻找药物和鉴别药物有很突出的价值｡
比如蛇床子，在以前的本草著作中没有形态描述，只记载了别名､产地｡《本草纲目》在罗列了前书有关文字后，接着说，“其花如碎米攒簇，其子两片合成，似莳萝子而细，亦有细棱｡”由此我们可以看出，《本草纲目》对植物形态的认识逐渐从表及里，从粗到细｡反映了人们对植物和动物的认识的进步｡
李时珍在订正前人的错误､谬说方面也做了大量出色的工作｡他批驳了服食丹药和蝙蝠能长生的说法，证实了某些医生所说的多食乌贼鱼会使人不育，掏鹳的幼雏会导致天旱的说法，是没有根据的｡
他还指出草籽不能变成鱼，也弄清楚五倍子是虫瘿､鲮鲤吃蚁等｡这些内容，大多反映在《本草纲目》中的“正误”和“发明”等项中，充分反映了李时珍的注重实践精神｡
《本草纲目》的产生和成就的取得不是偶然的｡自宋代以来，人们就积累了丰富的本草学知识，为明代的发展准备了条件｡明代初中期还涌现了一批各具特色，内容新颖充实的本草著作，如《救荒本草》和《滇南本草》，这些也在客观上促进了一些大型的､总结性的著作出现｡