制作佛珠最好的材质，就是
菩提子。在这里所说的菩提子，并不特指佛陀成道的金刚座
菩提树所结的子实；而是泛指各类根据佛经的记载而用于制作念珠的植物子实或木材。这是因为贤劫千佛所说的菩提树都不一样的缘故。
就常见的材质而言，无患子、星月菩提、金刚菩提、凤眼菩提，都是如法的材质，尤以凤眼菩提子为胜。虽然在佛家，有时候会针对所修持的法门，而对佛珠的材质有要求，比如白水晶质地的念珠，可以用于修持息灾法；红珊瑚质地的佛珠，可以用于修持
怀柔法；诸如此类，但菩提子类质地的佛珠，可以用于修持一切法门。因此如果使用菩提子类质地的佛珠，可以不必太在意佛珠质地方面的要求。
但是骨质并不适合作为佛珠的材质。任何骨质的念珠都是需要极力避免使用的。尤其是涉及到濒危动物的骨质，更是严禁使用。
莲华生大士曾经宣讲过：任何骨质的念珠都不会得到加持。因此但凡是骨质的佛珠，除了在合乎仪轨的情况下情况下外，不论牛羊角、犀牛角、牦牛骨、骆驼骨、
鲸鱼骨、“鹤顶红”（XN头盖骨）、海XY、XY、XG、
玳瑁等一切骨，皆不如法。