1、定义不同。确认是获取证据，以证实计划和操作性前提方案安排的控制措施有效；验证是通过提供客观证据，对规定要求已得到满足的认定。
2、范围不同 。确认的范围只针对由计划和操作性前提方案安排的控制措施，也就是对危害识别、评估之后，确定的操作性前提方案和计划和(或)它们的组合，是否可以将识别出的危害防止、消除或将其降低到可接受水平进行评估。
而验证的范围则大很多，除了计划和操作性前提方案要素及实施效果之外；还包括前提方案实施情况，危害分析的输入是否持续更新，终产品的危害水平是否在可接受水平之内，组织要求的其他程序(如产品撤回程序、内审程序等)的实施情况及有效性。
3、采用的方法不同 。由于确认是在实施前进行的活动，所以往往采用比较间接的办法，常用的有设计的统计学调查或数学模型的验算，如实验设计(DOE)或预测微生物模型等，权威机构如政府、行业协会等方面的指导等。比如，输美水产品企业。
验证往往采用另外一种方式去证明规定要求是否已得到满足，一般分日常验证和定期验证。日常验证活动采用的方法有评审监视记录。
参考资料来源：百度百科——确认
参考资料来源：百度百科——验证