真菌（Fungus）一词的“拉丁文”Fungus （fungi）原意是蘑菇。
真菌是生物界中很大的一个类群，世界上已被描述的真菌约有 1万属12万余种（属与种都是单位，且属大于种），真菌学家戴芳澜教授估计中国大约有4万种（种为单位）。按照林奈（Linneaus）的两界分类系统，人们通常将真菌门，分为鞭毛菌亚门、接合菌亚门、子囊菌亚门、担子菌亚门和半知菌亚门。其中，担子菌亚门是一群多种多样的高等真菌，多数种具有食用和药用价值，如银耳、金针菇、竹荪、牛肝菌、灵芝等，但也有豹斑毒伞、马鞍、鬼笔蕈等有毒种。另外，半知菌亚门中约有300属是农作物和森林病害的病原菌，还有些属是能引起人类和一些动物皮肤病的病原菌，如稻瘟病菌，可以引起苗瘟、节瘟和谷里瘟等。（fungus；eumycetes）是具有细胞核和细胞壁的异养生物。其营养体除少数低等类型为单细胞外，大多是由纤细管状菌丝构成的菌丝体。低等真菌的菌丝无隔膜，高等真菌的菌丝都有隔膜，前者称为无隔菌丝（coenocytic hypha），后者称有隔菌丝（septate hypha）。在多数真菌的细胞壁中最具特征性的是含有甲壳质(chitin），其次是纤维素。常见的真菌细胞器有：线粒体，微体，核糖体，液泡，溶酶体，泡囊，内质网，微管，鞭毛等；常见的内含物有肝糖，晶体，脂体等。
在历史上，真菌曾被认为和植物的关系相近，甚至曾被植物学家认为就是一类植物，但真菌其实是单鞭毛生物，而植物却是双鞭毛生物。不同于有胚植物和藻类，真菌不进行光合作用，而是属于腐生生物——经由腐化并吸收周围物质来获取食物。大多数真菌是由被称为菌丝的微型构造所构成的，这些菌丝或许不被视为细胞，但却有着真核生物的细胞核。成熟的个体（如最为人熟悉的蕈）是它们的生殖器官。它们和任何可行光合作用的生物都不相关，反而跟动物很亲近，两者同属后鞭毛生物。因此，真菌被归类自成一界。
虽然很早就已经知悉真菌和动物的演化关系比植物要来得相近，但很长的一段时间里，植物学入门对它们的介绍仍然比动物学入门要深入得多。
真菌的形态多样，一般分为单细胞和多细胞，酵母菌属于单细胞，而霉菌和蕈菌（大型真菌）都属于多细胞的真菌，它们归属于不同的亚门。大型真菌是指能形成肉质或胶质的子实体或菌核，大多数属于担子菌亚门，少数属于子囊菌亚门。常见的大型真菌有香菇、草菇、金针菇、双孢蘑菇、平菇、木耳、银耳、竹荪、羊肚菌等。它们既是一类重要的菌类蔬菜，又是食品和制药工业的重要资源。
真菌的细胞既不含叶绿体，也没有质体，是典型异养生物。它们从动物、植物的活体、死体和它们的排泄物，以及断枝、落叶和土壤腐殖质中、来吸收和分解其中的有机物，作为自己的营养。真菌的异养方式有寄生和腐生。
真菌常为丝状和多细胞的有机体，其营养体除大型菌外，分化很小。高等大型菌有定型的子实体。除少数例外，真菌都有明显的细胞壁，通常不能运动，以孢子的方式进行繁殖。
常见的真菌感染多为白色念珠菌、阴道纤毛菌、放线菌等。盐水涂片中注意寻找真菌孢子、菌丝或纤毛菌丛。
