清朝时期，经过多次整修扩建，晋祠构成了左右捭合于中轴线的综合性古建筑群。在祠庙范围内恢复修建了胜瀛楼、待凤轩、公输子祠、傅山纪念馆、三圣祠、舍利生生塔、贞观宝翰亭、文昌宫、钧天乐台、昊天神祠、松水亭和三台阁等建筑。
胜瀛楼北邻智伯渠、白鹤亭，南邻同乐亭，就是后来的傅山纪念馆，西与水母楼遥对，东北侧为水镜台，为明末清初的建筑，原为达官显贵登楼观景而筑。
胜瀛楼东西向高17米，重檐歇山顶，底层面宽3间，进深3间，前后设门，东额“大观在上”，西额“在山水间”。
胜瀛楼内设木阶可以登临上层。围以低矮木栅栏，便于观景。上层四面皆空，楼东面悬挂“胜瀛”匾额，西面悬挂“栖云”匾额。此楼命名胜瀛楼，意为此楼胜过瀛州仙境。
据说，胜瀛楼竣工时，恰巧为夏至这天，胜瀛楼的四面均能受到阳光照射，因此“胜瀛四照”便成为晋祠内八景之一。清代著名书法家杨二酉作《胜瀛四照》诗：
危楼起天半，周栏四望通。
此中先受月，无面不当风。
水光射檐动，山色入廊空。
且欲骋游目，残霞片片红。
1718年，待凤轩在晋祠的财神洞北建成，坐北向南，面阔三楹，宽10米，进深8.5米，占地面积85平方米。唐代诗人牛丛曾有诗道：
洞名独占朝阳号，应用梧桐待凤栖。
待凤轩之名就是取自此诗之意。清代著名书法家杨二酉曾题楹联一副：
桐叶自当年剪得；
凤凰于何日飞来。
笔力飘逸洒脱，似龙飞凤舞，寓意也很风雅。
公输子祠位于台骀庙和水母楼之间，坐西向东，占地面积约92平方米。公输子祠俗称“鲁班庙”，为奉祀鲁班而建。公输子祠在1730年增建神龛，1760年重修全祠，并在殿的前檐加悬“巧思入神”匾。
公输子祠庙虽不大，但祠基高耸，沿石阶20余级才能上达于祠。正殿三楹，红墙青瓦，清净而庄严，柱头的雀替镂雕着粗壮的金龙，颇为壮观，两面山墙前墀头上用砖雕刻的花饰也十分精巧。
傅山纪念馆原为同乐亭，又名一鉴居，创建于1737年，在胜瀛楼的西南侧，是一座坐南向北的四合院，其总占地面积553平方米，整个馆址东西宽20米，南北深27米，内有南屋五楹，东西配房各三间，前开屏门，别成院落。
东北隅辟小门，东出别构小院，中设灶具以为餐厨。
馆内四周连通，为回廊式的展厅，雕刻精致，油饰彩绘，雅致怡人。
纪念馆是永久性陈列展览与收藏傅山书画精品、文献资料及对外文化交流，举行各种活动的重要场所。在当时，乡里人士岁时宴食多会集于此，上级官员常往来于斯，故俗称“上官亭”。
傅山纪念馆是为了纪念明清之际著名的启蒙思想家傅山而建，他不仅在文、史、哲、医及书法绘画诸方面均有卓越成就的文化巨人，更是清初著名的反清人士，不仅在他生活的时代享有很高的声誉，而且在后世也获得相当高的评价。
三圣祠位于晋祠中轴线南侧，殿堂建在1.5米高的平台上，坐南朝北，面阔三间，前檐有廊。两侧的砖砌花栏矮墙与牌坊门围成一个独立的庭院。殿内塑有三圣的塑像：“药王”、“真君”和“龙王”。
药王又称“英烈昭惠显灵仁佑王”，在三尊塑像中居主，座前奉10大名医柱，为：岐伯、雷公、淳于意、皇甫士安、韦慈藏、华佗、张仲景、王叔和、葛洪、孙思邈。旧时人们有病，常去药王像前烧香跪拜，祈祷病人早日康复。
药王的左边塑的是真君，又叫仓公，传为山东临淄人，曾任仓长，为保护仓储之神，仓公座前塑耗仓鼠。
药王的右边塑的是黑龙王，为古代四灵之一，被认为具有降雨行云的神性。1110年，宋徽宗赵佶敕封龙神为王，于是龙王信仰逐渐遍及各地。
在清乾隆年间，舍利生生塔已毁塌过半，1748年在晋祠南堡杨廷璿的提倡下，又进行了一次重建。在当时，除舍利生生塔外，浮屠院占地面积1692平方米，建筑面积538平方米。舍利生生塔耸立院中央，仍然保留了它早期的规制。
舍利生生塔正厅五间，两边设耳房两间，东西厢房各三间。院西南开有月洞门，通柏月山房；院南辟“通幽”小门一座，与奉圣寺后院相连；院东南设垂花门一座。周围绕以透空景窗，使得院内外景色互相呼应。
舍利生生塔除第一层正面有杨二酉“雅明动化”横匾外，其余各层门额均有砖刻题字。塔院西侧的院落叫留山园。
1770年，贞观宝翰亭，改建为三楹，并改为南向，邑令周宽并题加“贞观宝翰”匾额。悬山顶，面宽三间，进深二间，亭高6米，坐落在15米的台基上，占地面积109平方米。
亭内东西各置一巨碑，东面为《晋祠之铭并序》碑，右面为同乡杨瘫镌于1772年按原碑拓片摹钩刻成的复制碑，碑高1.95米，宽1.2米，厚0.27米。由于复制工艺高超，与真品如出一辙，难辨真伪。
文昌宫位于晋祠庙东北隅，智伯渠北岸，坐北朝南，占地面积793平方米，1773年扩建。据“晋祠移建文昌阁碑”记：
旧制祠于智伯河南岸，仅一楹。前为道院，旁则小屋数椽而已，无可观。
扩建后的文昌宫有宫门三间，为一门两窗式，雕甍镂，三叠四垂，门两侧辟月窗，造型精美别致。门内廊五楹，中为屏门，东西厢房各三间，东南隅设月门，通五云亭。
正面飞阁两层，上面为文昌阁，明间篆书砖匾“紫垣六府”，祀文昌帝君，左右为魁星和禄神，北壁有杨二酉作诗、杨瘫书写的《晋祠全景诗》。
阁下洞穴，名为七贤祠，祭春秋战国间晋国晋卿智伯的家臣豫让、唐代著名诗人李白和白居易、北宋著名文学家、政治家范仲淹和欧阳修、明代著名政治家、军事家于谦和王琼。
阁左右建平台，台上复顶作游廊式，额为“诗榭”，东、西各四楹。东西榭壁上有墨书咏晋祠内八景五言诗，均为杨二酉所作，杨瘫书，墨迹清晰，完好无损。
从右翼诗榭顺阶而下，北面浅洞的西壁，嵌有傅山所书《文昌帝君阴骘文》石刻一块，书体为小楷，骨力神韵，堪称佳品。
文昌帝君是道教之神，是北斗魁星附近文昌六星的神化。文昌帝君又称梓潼帝君，传说梓潼帝君是四川梓潼一带的地方神，帮助唐玄宗李隆基渡过内乱，因而受到统治者的祭祀，影响逐渐扩大。
唐、宋、元各代分别赐以封号，其中元仁宗皇帝赐“辅元开化文昌司禄宏仁皇帝”，从此梓潼与文昌信仰结合起来，被认为能帮助儒生科场及第、预知士人的腾达升迁，因此，文昌又名“文曲星”，文昌帝君成为神话中主宰功名、禄位的神，旧时多为读书人所崇祀。
锁虹桥位于文昌宫的南面，横跨在智伯渠上，始建于1773年，石桥北向护栏为砖花墙，与文昌宫连为一体，又称“文昌桥”，是通往文昌宫的要道。
钧天乐台位于昊天神祠对面，坐南朝北，是专为祀奉关帝酬神唱戏的戏台。清乾隆年间建造。“钧天”是从《列子·周穆王传》“钧天广乐，帝之所居”中摘取而来的，“钧天广乐”是指天上的音乐。
乐台高1.5米，面宽1.35米，进深10.5米，前台及两旁围以低矮的石雕栏板。台上前部为三面开敞的卷棚歇山式建筑，高7.5米，后部为面宽三间的单檐歇山顶乐楼，高10米，屋顶用勾连搭形式联结为一体。
平面布局采用了移柱法，前檐明间扩大到4.51米，两次间宽仅为1.92米，最大限度地满足了观戏的需求。
前台柱头上正侧两面皆施图形的大额枋承重，枋上设斗拱，拱头皆雕成下昂刻三幅云，明间平身科中间一攒雕作华丽的斜拱，柱头科及平身科后尾全部采用镏金作法，出五拽架，直挑金檩下，从台上仰视，给人一种清爽之感。
乐台的背面置以门扇，斗拱华美，前檐明间巨大的雀替镂空层雕，拱眼壁也用矮雕龙凤装饰，使整座乐台显得格外轻巧俏丽，是祠内清代建筑的代表作。
钧天乐台的位置也安排得恰到好处。把一座玲珑剔透的乐台，巧妙地安置在智伯渠畔，碧波荡漾的潺潺泉水，通过形似瓜蔓的渠道由南而来，在此经乐台背面缓缓流过折向东去。
若遇演唱期，水声、歌声、乐舞声交织在一起，别有情趣。如从会仙桥眺望，则钧天乐台临水泊岸，又如一座水榭高台。
昊天神祠坐北朝南，东连东岳祠，西邻唐叔虞祠，规模宏大，是玉皇阁、三清洞和关帝祠的总称，也是晋祠中最大的道教庙观。
因玉皇大帝全称是“昊天金阙至尊玉皇大帝”而得名“昊天神祠”。昊天神祠是在关帝庙旧址上扩建的，因此民间一直称这里为关帝庙。
在1795年重修关帝祠之前，关帝祠、玉皇阁和三清洞原来都是各自独立的。重修后，因其基址后移，玉皇阁迁于三清洞上，建阁3间，所以就筑成了前后两进院，前院为关帝祠，后院有三清洞与玉皇阁。
前院关帝祠殿面宽三间，进深二间，顶为悬山式，殿前明间开隔扇门，殿内供关帝坐像，丹凤眼，卧蚕眉，红脸长髯，身着绿袍玉带。
两壁及后墙上绘桃园结义、水淹七军等80余幅关帝故事图，画工精湛，人物栩栩如生，有较高的艺术价值。前廊檐上高悬清咸丰年江苏文人韩宝绶撰书“如天之平”横匾，意为与天同高，赞关公之伟大。
昊天神祠的后院主殿为二层建筑，东西两旁各有配殿三间。中间主殿下层为三清洞，共有石洞5间。中间3间内塑三清神像：玉清境洞真教主元始天尊、上清境洞玄教主灵宝天尊和太清境洞神教主道德天尊。
洞顶上部有砖砌仿木构斗拱出檐，明间额上嵌有清乾隆年间晋祠镇人杨培所撰“先天祖炁”砖刻横匾。
后院主殿上层的玉皇阁建在三清洞顶，面宽三间，单檐歇山顶式砖木结构建筑，殿脊有琉璃瓦覆饰，飞阁前面及左右有廊可绕，内供玉皇大帝。
松水亭位于八角莲池西面，苗裔堂东面，清乾隆末年所建。“松水”之名，取自唐代著名诗人王维的诗句“明月松间照，清泉石上流”之意。
该亭为长方形四角亭，卷棚歇山顶，面宽三间9米，进深二间5米，面积45平方米。前后明间辟门。
松水亭有木刻联一副：
晋水源流汾水曲；
荷花世界稻花乡。
概括了晋祠的地方特色，充满诗情画意，是晋祠楹联中的佳品。
在松水亭小憩，十分惬意，特别是夏日的晚上，坐在亭中，可闻水流声，可观水中月，会顿觉远离尘世，烦恼全消，令人陶醉。
三台阁建于悬瓮山腰，因地势高峻，命名三台，与吕祖阁一线毗连。清光绪初晋祠住持僧续昙募建，东向三楹，面宽9米，进深5米，占地面积45平方米。清光绪时汪敦元仿汉缪篆所题木刻楹联：
胜迹拓蓬莱，凭栏向远，只赢得几点落花数声鸣鸟；
名山开图画，把酒凌虚，莫辜负四围香稻万顷沙鸥。
春秋佳日，游客至此，四望远眺莫不赏心悦目，心旷神怡。
晋祠的望月楼
晋祠的凌云阁
晋祠的望月楼
晋祠的碑刻
晋祠的对越牌坊