审计项目要素有组织、人员、成本、质量、责任等，上文已探讨对组织、人员的管理，下文仅探讨成本、质量、责任等要素的管理。
审计项目成本管理
指审计机关完成一个审计项目，实现预定审计目标所耗用的各种费用（不含人员工资）之和。一般地，审计项目成本就是由动态费用、分摊的固定费用和调整费用这三部分组成。审计机关计划管理部门提出审计项目经费预算，报审计机关负责人审核，机关会议审批。项目经费确定后，由审计组统一调配和使用，审计机关负责人动态掌握经费使用情况，可进行适当调整。审计组出点前据实结算各种费用，向被审计单位张榜公布，公开审计外勤经费使用情况。年终考核项目成本，实行“节约奖励，超支不补”的奖惩措施。
审计项目质量管理
审计项目质量的核心要求是：力求满足审计项目的用户——党政领导和人民群众的审计要求。要采取自上而下的质量管理策略。首先明确审计项目的质量管理目标，然后把审计项目分解为不同阶段，每个阶段又有具体的审计业务流程。根据审计业务流程制定管理目标和管理标准，提出管理方法。在审计作业过程中，应对审计业务流程按照标准和目标进行复核，随时发现问题，随时采取措施制止和纠正。要落实审计质量分级负责制，把质量管理责任层层分解。要严抓奖惩落实。
当前要加强审计项目复核的管理，扩充内部复核层次，划分各层次的复核重点，加强现场一级复核，加强专职复核人员对审计项目实施方案的复核，专职复核人员全程参与现场复核和跟踪检查，完善复核的配套机制。
对审计项目后评估的管理
对项目的评价分为项目基本情况、执行规范情况、审计成效情况。这三个方面可细化成多个细项。对审计人员，评价其查出问题的实绩、专业能力、工作过程、履行职责、廉政等情况。
建立审计项目执法过错历史责任追究制
实行审计历史责任终身追究制。对审计人员的21种执法过错行为进行责任追究。追究的方式有责令改正，告诫、批评教育，责令书面检查，通报批评，没收、追缴违法所得，停职、转岗、行政处分，构成犯罪的，追究刑事责任。
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