水牛奶和纯牛奶最大的区别就是水牛奶和牛奶来自不同的牛，水牛奶是来自黑化白牛，这种水牛奶含量比较低，但是营养非常的高。其香醇浓厚，胆固醇低，维生素、微量元素丰富，尤其是酪蛋白含量高，能进行高质量乳制品的深加工。水牛奶乳化特性好，100千克的水牛奶可生产25公斤奶酪，而相同量的黑白花牛奶只能生产12.5公斤奶酪。纯牛奶是来自普通的牛，而水牛奶来自黑白花牛，水牛奶中的蛋白质含量比较高，而且含有大量的钙分。1公斤水牛奶所含营养价值相当于黑白花牛奶1.85公斤，最适宜儿童生长发育和抗衰老的锌、铁、钙含量特别高。
水牛奶的脂肪、蛋白质、乳糖的含量是黑白花牛奶的数倍，矿物质和维生素含量也是黑白花牛奶和人乳的数十倍。其香醇浓厚，胆固醇低，维生素、微量元素丰富，尤其是酪蛋白含量高，能进行高质量乳制品的深加工。作为一类高级营养食品。水牛奶乳化特性好，100千克的水牛奶可生产25公斤奶酪，而相同量的黑白花牛奶只能生产12.5公斤奶酪。此外，水牛奶矿物质含量和维生素含量也都优于黑白花奶牛和人乳，铁和维生素A的含量分别是黑白花牛奶的约80倍和40倍，并被认为是最好的补钙、补磷食品之一。
纯牛奶属于常温奶，是经瞬时高温灭菌处理的超高温灭菌乳，这种奶能在常温下保存。“而超高温灭菌纯牛奶灭菌的瞬时温度至少132℃，这种灭菌方法能杀灭牛奶中的所有微生物，但这样灭菌后的牛奶营养成分损失较大，尤其是钙和维生素。形象地打个比方，巴氏奶好比新鲜水果，而超高温灭菌奶好比水果罐头，从新鲜和营养角度看，水牛奶要优于纯牛奶。
水牛奶和纯牛奶一字之差，其实奶的营养还是有区别的。两种奶的加工原料都一样，都是以鲜牛乳为原料，两种奶最本质的差别是杀菌方法的不同。水牛奶也称巴氏杀菌奶，是以鲜牛乳为原料，巴氏杀菌鲜牛奶是经过85℃低温加热处理的生鲜牛奶，由于杀菌方法温度不高，在杀死有害菌的同时，能最大限度地保存牛奶中的营养活性物质。
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