鲨鱼的种类很多，世界海洋能分辨出的鲨鱼种类至少有440种。《sharks of the world》系列书记载了500多种。侧孔总目下属一共分为8目25科：
1、六鳃鲨目：
六鳃鲨目有2科4属约5种，包括六鳃鲨科和皱鳃鲨科。中国仅六鳃鲨科科3属4种。广布于太平洋和大西洋热带和亚热带海域。
结构原始。鳃孔6～7个。眼无瞬膜或瞬褶。有喷水孔。背鳍1个，无硬棘，后位，具臀鳍；胸鳍的中轴骨伸达鳍的前缘，前鳍软骨无辐状鳍条。脊椎分节不完全，但椎体多少钙化，脊索部分或不缢缩。吻软骨1个。卵胎生。
2、鼠鲨目：
鼠鲨目有5科，包括锥齿鲨科、剑吻鲨科、鲭鲨科、姥鲨科和长尾鲨科。中国有4科6属8种。
鳃孔5对。背鳍2个，无棘；具臀鳍。眼无瞬膜或瞬褶。椎体具辐射状钙化区，4个不钙化区无钙化辐条侵入。颌舌接型，上颌仅以韧带连于头骨。
3、虎鲨目：
虎鲨目仅1科1属8种。分布于太平洋、印度洋各热带与温带海区。中国产宽纹虎鲨和狭纹虎鲨两种。
中小型鲨，长可达1.5米。体粗大而短，头高近方形。体具各种横纹或斑点。吻短钝，眼小，椭圆形，上侧位。
鼻孔具鼻口沟。口平横，上、下唇褶发达。上、下颌牙同型，每颌前、后牙异型，前部牙细尖，3～5齿头；后部牙平扁，臼齿状。喷水孔小，位于眼后下方。鳃孔5个。背鳍2个，各具1硬棘，可御敌害；具臀鳍；尾鳍宽短，帚形。胸鳍宽大。
栖息底层，食贝类及甲壳类动物。每次产卵2枚，卵具圆锥形角质囊，末端有长丝，借以固着于附着物上。
4、真鲨目：
真鲨目有4亚目7科49属200余种，包括猫鲨亚目、皱唇鲨亚目、真鲨亚目和双髻鲨亚目。中国有4亚目5科23属约60多种。
背鳍2个，无硬棘；具臀鳍。鳃孔5个。颌舌接型。吻软骨3个。眼有瞬褶或瞬膜。椎体具辐射状钙化区域，4个不钙化区域有钙化辐条侵入。肠的螺旋瓣呈螺旋形或画卷形。
5、角鲨目：
角鲨目有3科21属约87种，包括角鲨科、铠鲨科和棘鲨科。
背鳍2个，通常各具一棘；臀鳍消失。鳃孔5个，位于胸鳍基低前方。眼侧位或上位。主要分布于世界各温水、冷水海区或深海。
6、锯鲨目：
锯鲨目仅1科2属5种。
体长可达4米。吻很长，剑状突出，边缘具锯齿。腹面在鼻孔前方具1对皮须。头颇平扁。眼上侧位。喷水孔大，位于眼后。鼻孔圆形，距口远。牙细小而尖，多行在使用。鳃孔5～6个。背鳍2个，无硬棘；无臀鳍。
栖息底层，吻锯为自卫利器。食甲壳动物、蠕虫类及小鱼等。肉质优良。锯鲨属，鳃孔5个，共4种。中国只有日本锯鲨种，分布于黄海和东海，偶见于南海及朝鲜和日本沿海。六鳃锯鲨属，鳃孔6个，只1种，分布于非洲南部东南岸。
7、扁鲨目：
扁鲨目仅1科1属约13种。
体平扁；吻很短而宽；胸鳍宽大并向头侧延伸游离如袍袖，旧称袖鲛，西方俗称天使鱼或僧鱼；眼上位；口宽大，亚前位；牙上、下颌同型，细长单齿头型；鼻孔前位；鳃孔5个，宽大，延伸至腹面；背鳍2个，无硬棘。
广泛分布于热带及温带的大西洋、地中海和太平洋，非洲南部东岸也有分布。中国有4种。为黄海和东海次要经济鱼类，在黄海产量较大，为渔业捕捞对象之一。东海产量较少，为底曳网兼捕鱼类。
8、须鲨目：
须鲨目有长须鲨科、绞口鲨科、天竺鲨科、须鲨科、斑鳍鲨科、鲸鲨科、豹纹鲨科7科。中国有3科5属10种。
鳃孔5对。背鳍2个，无棘，具臀鳍。眼无瞬膜或瞬褶。椎体具辐射状钙化区，4个不钙化区无钙化辐条侵入。颌舌接型，上颌仅以韧带连于头骨。