综合排名
1、北京中医药大学
2、广州中医药大学
3、上海中医药大学
4、南京中医药大学
5、成都中医药大学
6、山东中医药大学
7、黑龙江中医药大学
8、天津中医药大学
9、湖南中医药大学
10、辽宁中医药大学
11、湖北中医药大学
12、浙江中医药大学
13、长春中医药大学
14、福建中医药大学
15、江西中医学院
16、河南中医学院
17、陕西中医学院
18、云南中医学院
19、广西中医学院
20、安徽中医学院
21、甘肃中医学院
22、贵阳中医学院
23、山西中医学院
分类排名
一、从建校时间排名：1956年，政府决定在东、南、西、北各建一所中医类本科院校，即北京中医药大学、上海中医药大学、成都中医药大学、广州中医药大学。这四所是最早建校的中医类本科大学。
二、从更名时间排名：各中医院校建校之初，均名中医学院，从90年代以来，一批中医学院更名为中医药大学。
1993年，北京中医学院——北京中医药大学
上海中医学院——上海中医药大学
1995年，广州中医学院——广州中医药大学
成都中医学院——成都中医药大学
南京中医学院——南京中医药大学
1996年，山东中医学院——山东中医药大学
黑龙江中医学院——黑龙江中医药大学
2006年，天津中医学院——天津中医药大学
湖南中医学院——湖南中医药大学
辽宁中医学院——辽宁中医药大学
浙江中医学院——浙江中医药大学
长春中医学院——长春中医药大学
2010年，湖北中医学院——湖北中医药大学
福建中医学院——福建中医药大学
除外，江西中医学院、河南中医学院、陕西中医学院、云南中医学院、安徽中医学院、广西中医学院、贵阳中医学院、甘肃中医学院、山西中医学院9所尚未更名。
三、从国家级重点学科排名
1、北京中医药大学：国家一级重点学科2个（覆盖国家二级重点学科15个）
2、广州中医药大学：国家一级重点学科1个，国家二级重点学科5个。
3、上海中医药大学：国家一级重点学科1个，国家二级重点学科3个。
4、成都中医药大学：国家一级重点学科1个，国家二级重点学科3个。
5、黑龙江中医药大学：国家一级重点学科1个，国家二级重点学科3个。
6、南京中医药大学：国家一级重点学科1个，国家二级重点学科2个。
7、山东中医药大学：国家二级重点学科2个。
8、天津中医药大学：国家二级重点学科2个。
9、辽宁中医药大学：国家二级重点学科1个。
10、湖南中医药大学：国家二级重点学科1个。
11、浙江中医药大学：国家二级重点学科1个。
除外，长春中医药大学、湖北中医药大学、福建中医药大学、江西中医学院、河南中医学院、陕西中医学院、云南中医学院、安徽中医学院、广西中医学院、贵阳中医学院、甘肃中医学院、山西中医学院12所有国家中医药管理局重点学科或省级重点学科，目前尚无国家级重点学科。
四、从有无博士点及博士点数目排名：
1、南京中医药大学：博士点24个；2、广州中医药大学：博士点19个；3、天津中医药大学：博士点18个；4、北京中医药大学：博士点16个；5、上海中医药大学：博士点16个；6、成都中医药大学：博士点16个；7、山东中医药大学：博士点15个；8、湖南中医药大学：博士点13个；9、黑龙江中医药大学：博士点12个；10、湖北中医药大学：博士点12个；11、辽宁中医药大学：博士点8个；12、浙江中医药大学：博士点5个；13、长春中医药大学：博士点3个；14、福建中医药大学：博士点2个。
参考资料：http://tieba.baidu.com/f?kz=807012001