在饲养的过程中，瓦氏黄颡鱼的疾病预防工作十分重要。为了提高单位面积产量，在增加放养密度和扩大饲养面积的同时，可能产生一系列流行的疾病。因此，加强疾病防治是提高成活率及产量的一项重要管理措施。
发病原因
鱼池未经消毒，或消毒处理不严，或消毒药物失效。苗种放养密度过大，水质变坏，降低鱼的抗病能力。苗种期间投喂的浮游生物、水蚯蚓等活饵料未经消毒处理，带进了病原体；或者是因这些饵料的重金属离子含量超标等，鱼吃了大量这类活饵料而致病；或因饲料腐败变质，或因投饲不匀，或是施肥不当引发鱼病。
鱼种的体质差，或在运输过程中受伤，病原体侵入；或者苗种本身带病。苗种和工具未经消毒处理，带进了病原体。水源不良，或者是病死鱼的交叉重复感染。
预防措施
彻底清理鱼池，严格清塘消毒。苗种放养时，先用2.0％～3.0％食盐溶液等药物鱼体消毒。放养体质健壮、规格大的无病害苗种。最好不喂来自城市污水池、排水沟里捞来的水蚤、水蚯蚓等活饵料，采用人工培养活饵料的办法。不喂变质饲料，坚持“四定”、“四看”投饲原则，肥料经充分发酵腐熟后才下塘。
调查并总结本地区的鱼病种类和发病规律，采取有效的预防措施。定期泼洒生石灰浆、敌百虫、强氯精、硫酸铜等并结合内服药饵。坚持对活饵料、食台、食场消毒。网箱饲养瓦氏黄颡鱼防病的最有效措施之一，就是将网箱设置在有一定风浪或流水条件的水区，放置网箱密度不宜太大，尽量保持1.0米左右的间距，枯水期最好经常移动网箱。
黄颡鱼对几种常用药物的忍受力
黄颡鱼对常用水产药物24小时半致死浓度为：硫酸铜0.69毫克/升；90％晶体敌百虫2.8毫克/升；食盐2.5％；福尔马林68毫克/升；氨胺-T 8.4毫克/升。瓦氏黄颡鱼对常用药物忍受力不及四大家鱼，这可能因为瓦氏黄颡鱼无鳞，药物较容易直接从皮肤浸入体内的原因。所以，用药一定要严格控制用量，防止急性和慢性中毒导致死亡。