子午流注疗法是一种针灸技术，其核心在于结合自然界的时间周期与人体气血运行的规律。这一理念在古代医籍中有详细的记载，如《灵枢•经脉》、《营气》等篇章，以及《难经》中的相关部分。在《灵枢•九针十二原》和《本输》篇中，对井荥俞的五行配属有详细描述，尽管早期只有阴井木和阳井金的对应，但《难经•六十四难》则对其进行了进一步的阐释。
《灵枢》中的“岁有十二月，日有十二辰，子午为经，卯酉为纬”体现了时间对经脉的影响。《五乱》篇提到经脉与十二个月份相对应，而《顺气一日分为四时》则阐明一天内的时辰变化对应四季。《素问•八正神明论》强调了针刺必须遵循日月星辰和四时八正之气，这正是“得天时而调之”的原则。
《甲乙经》中，治疗方式根据一天的时间变化进行调整，如根据阳分和阴分的气加减进行刺穴，强调了时间选择的重要性。到了元代，如何若愚的《流注指微赋》和窦汉卿的《标幽赋》中，子午流注的应用方法和五行五脏与时间的关系被进一步归纳和阐述，表明这种方法已经成为独特的针灸技术。
明代的《针灸节要》、《医学入门》和《针灸大成》等著作进一步发展了子午流注理论，而徐凤氏在《针灸大全》中更是推出了“子午流注逐日按时定穴歌诀”，使其应用更加方便。这表明子午流注疗法自古以来就被视为高级的针灸疗法，深受劳动人民的重视，历史悠久。
子午流注疗法，是针灸于辩证循经外，按时取穴之一种操作规程方法。它的含义，就是说人身之气血周流出入皆有定时。血气应时而至为盛，血气过时而去为衰，逢时而开，过时为阖，泄则乘其盛，即经所谓刺实者刺其来。补者随其去，即经所谓刺虚者刺其去。按照这个原则取穴，以取其更好的疗效，这就叫子午流注疗法。