区别如下：
第一：私往来香港或澳门地区旅游、探亲、从事商务、培训、就业、留学等非公务活动的旅行证件
第二：签注是印于港澳通信证上的，证明通行证持有人可合法前往香港或澳门的注释。签注会注明持有人此次前往香港或澳门的目的、行程时间等。
第三：内地居民往来港澳签注分为6个种类，即个人旅游（G）、探亲（T）、商务（S）、团队旅游（L）、其他（Q）、逗留（D）根据申请事由分类签发。其中香港G签和L签的有效期都为：3个月1次、3个月2次、1年1次、1年2次四种有效签注。澳门签注只有3个月1次、1年1次申请。签注规定每次在香港或者澳门逗留不超过7天，一进一出算一次。
第四：港澳通行证是一个类似护照的蓝黑色封皮的证件簿，其有效期是五年。如下：
而签注是印于该通行证内页的几行文字注解，每申请一次签注，就会有一行注解。签注的有效期就是持有人此次可以逗留香港或澳门的总时间。如下：
扩展资料
首次办理须本人至户籍所在地的出入境管理处提交申请，申请材料有:居民身份证及复印件(用A4纸复印，可复印在同一张纸上)以及填写《中国公民出入境证件申请表》，2寸淡底色彩照2张(也可现场拍照，费用自付)，同时分别申请赴香港、澳门的签注。
只去香港则申请香港签注，只去澳门则申请澳门签注，如果香港、澳门都去，则两地签注都要申请。
【办理时限】自受理之日起10个工作日(首次或非首次申请)。但均不含邮递日(一般在五天左右)以及节假日。
【费用】《往来港澳通行证》每本80元;一次往来签注，每个15元，二次往来签注，每个30元。
可单独办理《港澳通行证》，《港澳通行证》是获得签注的前提
但赴港澳前，必须取得内地公安部门签发有关来港澳目的的签注
一、定义不同
（1）《港澳通行证》：是签发给中国内地居民因私往来香港或澳门地区旅游、探亲、从事商务、培训、就业、留学等非公务活动的旅行证件
（2）签注：分为探亲、商务、团队旅游、个人旅游、逗留和其他签注。持证人须在往来港澳通行证和签注有效期内，按照规定的次数和停留时限往来香港或者澳门
二、有效期限不同
（1）《港澳通行证》
成年人有效期为 10 年
未满 16 周岁的签发 5 年有效通行证
（2）签注
香港旅游签（团队和个人）的有效期都为：3个月 1 次、3个月 2 次、1年 1 次、1年 2 次四种有效签注
澳门签注只有 3个月 1 次、1年 1 次申请
三、以下为《港澳通行证》及签注的样式
1、《港澳通行证》
2、签注
以上资料来源于：新版港澳居民来往内地通行证样式（成人）
港澳通行证与签注的区别：
港澳通行证俗称双程证，是由中华人民共和国公安部出入境管理局签发给中国内地居民因私往来香港或澳门地区旅游、探亲、从事商务、培训、就业、留学等非公务活动的旅行证件
签注是印于港澳通信证上的，证明通行证持有人可合法前往香港或澳门的注释。
签注会注明持有人此次前往香港或澳门的目的、行程时间等。
内地居民往来港澳签注分为6个种类，即个人旅游（G）、探亲（T）、商务（S）、团队旅游（L）、其他（Q）、逗留（D）根据申请事由分类签发。
其中香港G签和L签的有效期都为：3个月1次、3个月2次、1年1次、1年2次四种有效签注。澳门签注只有3个月1次、1年1次申请。
签注规定每次在香港或者澳门逗留不超过7天，一进一出算一次。
港澳通行证是一个类似护照的蓝黑色封皮的证件簿，其有效期是五年。如下：
而签注是印于该通行证内页的几行文字注解，每申请一次签注，就会有一行注解。签注的有效期就是持有人此次可以逗留香港或澳门的总时间。如下：
拓展内容：
港澳通行证的办理流程：
新办：
首次办理须本人至户籍所在地的出入境管理处提交申请。
申请材料有：居民身份证及复印件（用A4纸复印，可复印在同一张纸上）以及填写《中国公民出入境证件申请表》，2寸淡底色彩照2张（也可现场拍照，费用自付）。
只去香港则申请香港签注，只去澳门则申请澳门签注，如果香港、澳门都去，则两地签注都要申请。
办理时限：自受理之日起10个工作日（首次或非首次申请）。但均不含邮递日（一般在五天左右）以及节假日。
费用：《往来港澳通行证》每本80元；一次往来签注，每个15元，二次往来签注，每个30元。
续签：
本人凭身份证及有效的《往来港澳通行证》办理，也可代办，代办人需携带身份证。
不同城市对加签可能有特殊规定，具体咨询户籍所在地出入境管理处，少数城市可以邮寄续签，如江苏连云港市。
办理时限：自受理之日起7个工作日。
费用：一次往来签注每个20元；二次往来签注每个30元。
特别注意：《往来港澳通行证》有效期不足6个月（部分城市是3个月）的或无足够空白签注页的不能办理，须按首次申请手续办理新的《往来港澳通行证》，同时申请签注。
代办：
若是首次申请办理港澳通行证需要携带本人身份证以及照片。
若非首次申请，则需带好本人身份证及前一次办理的通行证，如请人代办还需携带代办人身份证。
参考资料：百度百科词条（中华人民共和国往来港澳通行证网页链接）
本回答被网友采纳护照申请时，申请表也必须填写目的地国家，护照到手后，你不去使馆申请签证也可以。什么时候出国，什么时候申请签证
港澳通行证签注的意思是印刷在港澳通行证上证明通行证持有人可以 合法前往香港和澳门的注释 签注会注明持有人 此次前往香港或澳门的目的行程或时间等