盐城市第三人民医院的神经内科和神经外科均在各自领域内取得了显著的发展和成就。
神经外科作为临床重点专科，拥有44张床位，8名专业医师，其中包括2名副主任医师和2名硕士研究生。科室主要专注于颅脑外伤和颅脑肿瘤的治疗，颅脑外伤年收治量居全市首位，成功抢救率高达80%。颅脑肿瘤方面，自1999年起开展显微神经外科手术，切除深部及复杂肿瘤，死亡率低至1%。此外，科室在脑内血管疾病方面也有显著特色，引进的DSA技术提高了血管疾病诊断，开创了脑血管外科新篇章。与北京天坛医院合作后，诊疗水平进一步提升，填补了许多市内空白。
神经内科方面，设有11名专科医师，包括1名主任医师和4名副主任医师，提供42张病床和多种诊疗服务。科室在新技术和新项目上不断突破，如癫痫、颅内出血性疾病微创治疗和神经介入治疗等均处于全市前列。近3年来，科室成功实施了大量微创手术，如颅内血肿清除术、蛛网膜下腔出血造影等，显著提高了危重患者的生存率，部分填补了我市医疗空白。
科研方面，科室多项研究项目获得卫生局和科技局的立项支持，发表的论文数量也达到20余篇，显示了其在专业领域的扎实实力和持续创新能力。
盐城市第三人民医院暨盐城市红十字医院创建于1946年，现为东南大学医学院附属盐城医院、南通医学院和江苏省职工医科大学教学医院，与上海市胸科医院、上海中山医院、上海长征医院、北京天坛医院合作成立了心脏外科技术交流中心、介入治疗中心、心脏电生理治疗中心和脊柱伤病交流中心、神经外科技术交流中心。