普通高等学校教育评估的实施过程遵循明确的步骤。首先，学校需要主动提出评估的申请，以启动评估程序（第二十三条）。
接着，评估（鉴定）委员会会对学校的申请进行严格的审核，确认其符合评估条件。学校需自行进行深入的自我评估，并撰写了详尽的自评报告，这将作为评估的重要依据（学校自评，写出自评报告）。
评估委员会会派出专业小组进行现场实地考察，形成视察报告，对学校的教育质量给出初步评估结论。这个阶段的结论通常是初步的（评估（鉴定）委员会派出视察小组到现场视察，写出视察报告，提出评估结论简易）。
然后，评估委员会会对视察报告进行复核，最终形成正式的评估结论。在必要时，这些结论还需经过相关的教育行政部门和政府的审批并公布（评估（鉴定）委员会复核视察报告，提出正式评估结论；必要时报请有关教育行政部门和各级政府批准、公布评估结论）。
如果学校对评估结论持有异议，他们有权在一个月内向上一级的普通高等学校教育评估领导小组提出申诉。上级机构会公正对待并进行仲裁，确保公正处理任何争议（第二十四条 申请学校如对评估结论有不同意见，可在一个月内向上一级普通高等学校教育评估领导小组提出申诉，上一级教育评估领导小组应认真对待，进行仲裁，妥善处理）。
（中华人民共和国国家教育委员会令第14号）