要注销C1驾驶证的。
持有C1实习期驾驶证驾驶摩托车的，属于驾证不符，应一次记12分，而根据《机动车驾驶证申领和使用规定》第七十九条的规定，机动车驾驶人在实习期内发生道路交通安全违法行为被记满12分的，注销其实习的准驾车型驾驶资格。被注销的驾驶资格不属于最高准驾车型的，还应当按照第七十八条第一款规定，注销其最高准驾车型驾驶资格。
所以，如果持有C1实习期驾驶证驾驶摩托车的，要被注销所持有的C1驾驶证。
《机动车驾驶证申领和使用规定》(部139号令)
第七十九条 机动车驾驶人在实习期内发生道路交通安全违法行为被记满12分的，注销其实习的准驾车型驾驶资格。被注销的驾驶资格不属于最高准驾车型的，还应当按照第七十八条第一款规定，注销其最高准驾车型驾驶资格。
持有大型客车、牵引车、城市公交车、中型客车、大型货车驾驶证的驾驶人在一年实习期内记6分以上但未达到12分的，实习期限延长一年。在延长的实习期内再次记6分以上但未达到12分的，注销其实习的准驾车型驾驶资格。
《道路交通安全违法行为记分分值》
一、机动车驾驶人有下列违法行为之一，一次记12分：
（一）驾驶与准驾车型不符的机动车的；
（二）饮酒后驾驶机动车的；
（三）驾驶营运客车（不包括公共汽车）、校车载人超过核定人数20％以上的；
（四）造成交通事故后逃逸，尚不构成犯罪的；
（五）上道路行驶的机动车未悬挂机动车号牌的，或者故意遮挡、污损、不按规定安装机动车号牌的；
（六）使用伪造、变造的机动车号牌、行驶证、驾驶证、校车标牌或者使用其他机动车号牌、行驶证的；
（七）驾驶机动车在高速公路上倒车、逆行、穿越中央分隔带掉头的；
（八）驾驶营运客车在高速公路车道内停车的；
（九）驾驶中型以上载客载货汽车、校车、危险物品运输车辆在高速公路、城市快速路上行驶超过规定时速20％以上或者在高速公路、城市快速路以外的道路上行驶超过规定时速50％以上，以及驾驶其他机动车行驶超过规定时速50%以上的；
（十）连续驾驶中型以上载客汽车、危险物品运输车辆超过4小时未停车休息或者停车休息时间少于20分钟的；
（十一）未取得校车驾驶资格驾驶校车的。
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