台湾语源出闽语，为闽南语的一支。中国汉朝末年的三国时代，中原发生战乱，难民开始进入福建，造成原有“百越族”土著民族的语言发生变化，而逐渐形成了最初期的闽语。然而，汉人大规模入闽，则是始于“永嘉之祸”，由于晋室南迁，大批北方汉人入闽，而带来了3世纪时北方的口语音，亦即所谓“十五音系统”，而“闽语”亦于此时渐渐形成。 伫西晋永嘉二年（公元308）的时候，中原的衣冠八族（詹林黄陈郑丘何胡）开始避难到福建闽江和木兰溪的等流域一带，他们把当时的古汉语带过来，但这次数量很少 。南朝梁天监年间（公元502-519）析晋安郡南部置南安郡，以保持闽疆南部安定取称，治所在今南安丰州镇，领晋安等三县，辖今之厦门、莆田、泉州、漳州一带，但不久就被撤销，直到200多年后的唐朝中期，又在今泉州市区第三次设置武荣州，不久改名泉州，泉州市区一带的建制才稳定下来，泉州的安溪、惠安、永春、德化在400多年后的五代十国闽国时期才设县。
唐代时，陈政、陈元光父子带兵入闽平乱，进而屯垦漳州，带来了7世纪的北方的中古音；唐末时，王潮兄弟又带军队入闽，也带入了当时的中古音。从以上的两批移民，所带来的北方口语，经过一番演变就形成了所谓的“漳州语”、泉州话的基础。 北宋时期，在泉州等口岸相继设立了掌管外贸的市舶司，使泉州发展成当时国际上的著名商港，对外海线交通十分方便。在这以后，闽南地区便有不少人民，因为政治、经济或其他因素而移民海外（包括台湾），也因此带去了他们的母语——闽南语（漳州话莆田话泉州话）。明末时，闽南发生大旱，郑芝龙曾招数千人到台湾垦殖，他们大多数便在台湾定居，而且还跟台湾原住民（大多为平埔族）通商、甚至通婚，而促进了汉人与台湾各原住民族在血缘以及语言上的融合。
从16世纪起，西欧各国开始进行各种殖民海外的计划。西元1624年起，荷兰、西班牙先后占领南、北台湾，尤其荷兰人统治台湾将近40年，实施王田制，召募闽南人前开垦台湾。来台汉人多出身漳州和莆田泉州，在长期与平埔族杂处和荷兰人的统治下，随移民所带来的闽南语也渗入了一些新的语言因素。福建汉族人移居台湾始于宋代初期的福建莆田，莆田古代海运业、远洋贸易发达，在唐朝末期，莆田已经地少人多，迫使多数莆田人背井离乡移民外地，在北宋朝初期时就有很多莆田人迁徙到台湾，南宋末期，元朝后期亦思法杭兵乱，明朝中后期的残酷的倭寇侵略，清朝的沿海迁界时陆续很多莆田人通过台湾海峡迁徙到台湾，移民原因是莆田人口过多，人地矛盾非常严重和逃避外族入侵导致战乱。莆仙人较大规模迁台目前最早可上溯至北宋朝初期，据莆田《林氏大宗谱》记载：“北宋初，莆田人涌至莆田沿岸，林默（妈祖）造木排渡难民往澎湖定居。”现今，台湾彰化县的南社、描儿干社民众至今语言未被同化保留仍讲莆仙方言，住宅建筑亦保持莆田特点。 还有的莆田人是在移民泉州漳州几百年后再次移民到台湾，他们的莆田话已经同化成泉州话或漳州话，在台湾，有不少寮、廊、坑、厝、店地名前冠以“兴化”，这表明在今日的台湾，也有大量兴化方言的踪迹，只是有的很快就被就被当地话同化了。 祖籍莆田的的台湾同胞最少占台湾人总数的30%以上，还有部分莆田人是迁徙到泉州漳州几百年后再次迁徙到台湾，这部分的莆田人被登记认为是泉州人或漳州人，他们的莆田话已经同化成泉州话或漳州话，他们在明朝和清朝的籍贯是泉州或漳州，但他们的更早祖籍是莆田。 明末时，福建发生大旱，郑芝龙曾招福建数千人到台湾垦殖，他们大多数便在台湾定居。西元1624年起，荷兰、西班牙先后占领南、北台湾，尤其荷兰人统治台湾将近40年，实施王田制，召募闽南人前开垦台湾。来台汉人多出身漳州莆田和泉州。 崇祯元年（1628年），福建饥荒，郑芝龙在福建巡抚熊文灿的支持下，招徕福建沿海灾区饥民数万人移民台湾垦殖。这是第一次有组织的福建向台湾大移民。南明永历十五年（1661年），郑成功收复台湾，郑氏军队及眷属约3万多人，当时除命各军分区屯垦外，还大力招徕因清廷“迁界”而流离失所的大陆沿海民众，“不愿内徙者数十万人东渡，以实台地”，主体仍是福建沿海各县居民。清代是福建民众通过台湾海峡移居台湾的重要时期。康熙二十二年（1683年），施琅率兵收复台湾，全国政治统一， 自康、雍 始，至乾、嘉年间，福建民众相继赴台，导致台湾由南到北、由西向东的垦殖运动全面展开。清代，清廷为防郑氏遗民，颁布渡台禁令，设下条件人民渡台，清朝官府有登记的官渡的莆田人、泉州人只能从泉州渡船，还有大量莆田人直接从莆田到台湾，有登记的人数只占莆田人官渡渡台总人数的很小比例，这和漳州、泉州的自渡台湾的情况是相同的，大量的人不是通过官渡而是自己渡台。尤其清政府于乾隆四十九年 （1784年）开放有登记的莆田人、泉州人只能从泉州渡船，台湾鹿港与泉州石狮蚶江港对渡，五十七年（1792年）又开放有登记的福州人只能从福州渡船，淡水八里岔与蚶江及福州五虎门通航，推动了移民潮的高涨，有登记的漳州厦门人从厦门港渡台。 明末郑成功抗清失败后，便率大军攻占台湾，赶走荷兰人。郑家出身泉州，郑氏王朝之文教制度的定立者——陈永华，也是福建人，而其所带来的军民也大多数是福建人。台湾的闽南语，是以福建音占大多数的。
至清代光绪十一年 (1885年)始设台湾省。但早在明末清初，福建就开始大批向台湾移民了。明朝天启四年 (1624年)荷兰人窃居台湾后，曾招募闽南沿海移民去台湾垦殖；明末郑芝龙设寨于台湾北港，曾多次招募漳、泉、莆田（兴化）沿海居民渡海去台湾垦荒；崇祯元年(1628年)统治台湾的郑芝龙归顺明朝，在福建布政使熊文灿的支持下，招募沿海几万灾民，每人“给银三两，每三人给牛一头”，用船载运去台垦殖；清朝顺治十八年(1661年)延平郡王郑成功驱逐荷兰人，收复了台湾，所带士兵连同眷属共三万多人都留在台湾开荒种植，这些士兵多是闽南、闽中人。与此同时，他还到漳、泉、莆田（兴化）等地招募青壮年到台湾垦荒。这个时期漳州、泉州、莆田（兴化）等地赴台者达15万人之多；清朝康熙二十二年(1683年)，郑成功之孙郑克（王+爽）归顺清朝后，漳、泉、莆田（兴化）沿海赴台又有几十万人之多；清朝康熙中叶，清政府放宽海禁，莆田和广东移民也大批迁往台湾。 1683年，施琅征台，郑氏王朝覆亡，清廷正式统治台湾。隔年，清廷为防郑氏遗民，颁布渡台禁令，设下严格条件限制人民渡台，其中以粤籍禁渡，造成客家人比较晚来台湾，台湾的开发几乎都由闽南人领先，而台湾的语言亦以闽南语为绝对优势。雍乾之世，禁令渐松，1862年，因牡丹社事件，钦差大臣沈葆祯来台办理防务，以“开山抚番”为名，招徕垦野，因而解除了长达近200年的渡台禁令。
在清廷统治台湾的200余年间 ，闽人来台人数激增，移民的语言随其足迹而传播到台湾各地。日后由于交通开始便利，人口四处流动，结果漳泉两腔混淆，造成宜兰、鹿港等少数地区保存较纯正的口音以外，其他各地多通用一种不漳不泉、亦漳亦泉的新闽南语。语言学家洪惟仁(1987，1-2)将其称之为“漳泉滥”（指漳泉混合）。近代中日甲午战争后，清廷战败，将台湾割让给日本。在日本统治台湾期间，教育方面推行“国语”（日本语）政策，日本语在政治上占尽优势，在民间使用的台语难免受其影响。直至今日，仍可由台湾话中找到日语影响的痕迹。
1945年，第二次世界大战结束，日本战败，国民政府接收台湾；战后国共发生内战，国民党政府战败，带着大批军队和难民“转进”台湾，这是台湾有史以来规模最大的一次移民活动，再加上日后推行的“国语”（这次是北京语）运动，在其影响下，台湾话再度加入新的语料。
但由于近百年与中国大陆断绝来往，导致台湾话与原乡闽南语已有所小差异。
