法律分析：1、登录金税三期个人所得税扣缴系统，登进去时会有导向操作：
1）录入单位信息（把纳税人识别号输入进去）
2）获取办税信息（会出现企业信息）
3）备案办税人员信息（办税人员姓名身份证号等等
4）设置登录密码（设置为常用的密码）
5）设置数据自动备份
2、点进去之后会看到有人员信息采集，专项附加扣除信息采集还有综合所得申报等等。接下来把企业的人员信息采集进去，税款所属月份选择备案的当月。
3、公司新进的员工首次进行代扣代缴，需要添加人员信息采集。如果企业人员较多，财务人员单独登记不过来，可以选择把表格模板导出来，由员工填写好后再导入系统，涉及的信息有证件类型、证件号码、姓名、性别、出生日期、国籍、任职时间、手机号码等必填项。导入之后点击报送，最后获取反馈，人员状态显示正常，报送状态显示报送成功，身份验证状态显示验证通过人员信息采集完毕。
4、如果员工从企业离职，人员信息状态要从开始的正常状态调整为非正常状态，调整之后不必再为此员工代扣代缴个税。
5、专项附加扣除会涉及子女教育支出、继续教育支出、住房贷款利息支出、住房租金支出、赡养老人支出信息登记。如果企业人员较多，比如大型建筑企业，员工几百上千，无法获取专项附加扣除信息，员工可以下载自然人税收管理系统手机APP客户端，让员工自行在APP填列，联网状态下企业端可以同步信息。比如子女教育的信息，子女的姓名身份证号年龄受教育时间都需要备案在系统里，不需要单独到税务局备案，
6、综合所得申报，包括员工的正常工资薪金所得、全年一次性奖金收入、年金领取、解除劳务合同一次性补偿金、稿酬所得、特许权所得等都在综合所得预扣预缴表里，企业代扣代缴主要是正常工资薪金所得项，点击进行填列，需要进行明细申报，因为每个员工的工资、个税、专项附加扣除都不一样。本期收入需要手动填列。
7、员工的本期应纳税额会根据收入减去减除费用专项扣除项后来计算，按月进行累计，比如某员工没有专项扣除和专项附加扣除，1月应纳税所得是4000，2月应纳税所得是6000,2月虽然超过了减除费用5000，但是1-2月累计应纳税所得额减减除费用刚好为0，2月也不用交税。
法律依据：《中华人民共和国税收征收管理法》 第五条 国务院税务主管部门主管全国税收征收管理工作。各地国家税务局和地方税务局应当按照国务院规定的税收征收管理范围分别进行征收管理。
地方各级人民政府应当依法加强对本行政区域内税收征收管理工作的领导或者协调，支持税务机关依法执行职务，依照法定税率计算税额，依法征收税款。
各有关部门和单位应当支持、协助税务机关依法执行职务。
税务机关依法执行职务，任何单位和个人不得阻挠。