光绪二十七年(1901)八月，清廷鉴于内忧外患日益严重，下令废科举兴学堂，把兴学育才作为当务之急。1902年，在籍翰林丁仁长、吴道镕，举人汪兆铨等绅士，筹建一所“中学为体西学为用”、面向广府各县招生的新式学堂。办学经费以广府学宫明伦堂管辖的惠济义仓每年捐拨白银9600两为主，辅以各县明伦堂或册金局等绅民社团的集捐，采用捐款与学额挂钩的办法，共筹得开办费19297两。1902年，在广府学宫孝弟祠(今广州市第十三中学)创办了中学规制的教忠学堂，翰墨池(今莲塘)南边的明伦堂也可随时借作讲堂。与康有为创办的、至今仍受到高度评价的万木草堂旧址--仰高祠相距很近。(万木草堂1893年冬由卫边街迁此，1898年停办，约在今文德路华师大接待站一带。)光绪二十八年二月，“教忠”在贡院(今省博物馆)招考，一时官绅毕集，总督陶模、巡抚德寿、学政(后改称提学使)文治等“会同招考”以表重视，由学政亲定甲乙以示公正。第一期考取54名，“皆一时之选”，朱执信(大符)榜上有名。七月开学，连同其他学额约有百余名学生。由丁仁长为监督(相当于校长)，经督、抚等向朝廷奏请立案。这是广东较早兴办的学堂之一。
光绪三十二年(1906)，广东兴学热潮日趋高涨，但欠缺师资，经学政同意改办初级师范，称教忠师范学堂。以孝弟祠为校务处，在翰圃的空地上建讲堂和宿舍。分四种学额：一是通额，由惠济义仓每年捐款项下招考60名，免收学费，全省士子均可投考。二是公额，各县明伦堂、册金局等每捐银100两可占该县学额两名，免收学费，多者类推。三是义额，凡士绅捐银500两以上者，永给学额一名，免费入学。四是附额，因额满未录取，每年缴费24两可作“附学”生。当时风气初开，各县多未设学堂，都乐于捐助。
课程有经学、史学、外语、算学、理化、体操等科目。教学仪器向日本购买，图书则靠捐赠与购买。丁仁长能“事必躬亲，诱掖后进，视学生如弟子，规模宏远”，甚获好评。1901～1904年是科举考试与学堂并存时期，许多“教忠”学生参加了科举考试，考取秀才的为数不少，其中梁鸣皋、梁鸣治兄弟同时考中举人。这无疑是新旧交替时期的怪现象，在“教忠”尤为突出，但从另一个侧面也反映出“教忠”学生旧学根底深厚，文笔优长。宣统年间，学部规定“毕业考试复试法”，各府、县学堂毕业生要由省的学使复试；因“教忠”直辖于提学使，毕业考试时，派员监考，可免复试。例如，1909年，教忠师范生毕业考试，被梁启超誉为晚清“诗界革命之巨子”的丘逢甲，当时就以广东学务公所议绅的身分“会同考试”。据仁长记载，从1902～1911年，共有五期毕业生，共2000人，其中师范生1200人，中小学生各400人。那时“教忠”的师范毕业生，各县学堂争相延聘。 民国建立的头10年，时局不稳，“校款样舍，屡感飘摇”(金曾澄语)，学校没有什么发展。据官方的史料记载，1913年，在校生只有134名，教师9名；1921年6月，在校生是185名，教师20名，毕业生则有341名。1923年改办初级中学，1928年8月，增办高中师范科。1931年分为高初中男子部和女子部及附属小学，继续办高中师范科。1932年12月，教育部颁《师范学校法》，规定私人或团体不得办师范学校，“教忠”在次年改为“私立教忠中学”的可能性较大。据1934年统计，学校的建筑面积约40000方尺(旧制，下同)，其中有教室、办公室、实验室30多间，还有学生宿舍(当时有寄宿生140人)、礼堂(约3000方尺)、图书馆(约1000方尺，图书8000册)；空地面积约28080方尺，其中有操场(约20000方尺)、园艺实习场(约1000方尺)。仪器标本约值2500元。1935年办高初中完全中学，是“教忠”全盛时期。高初中和附小共有67个班，学生达3000余人。
民国年代对学校影响较大的事情是1919年广州的马路建设。市政公所要把府学东街开辟成文德路，要把“教忠”紧靠府学东街的教室、宿舍、操场拆建成马路。幸好在市政公所当“坐办”、主管广州拆城筑路的曹汝英，曾在教忠学堂当过数学教师，经汪兆铨校长多方斡旋，市政公所给“教忠”开创了“赔偿补建”的先例，在原广府学宫的贯道门(今学校的西北部)补建教室、宿舍，在番山(又称龟岗)右旁补建操场。原设在名宦祠(介于翰墨池与仰高祠之间)的附属小学也因拆平筑路，亦在贯道门附近的“深柳书室”旧址补建附小教室。学校师生原由崇圣殿(今中山图书馆南边)后、番山旁进出，不太方便，于1926年在文德路增辟侧门。 日本投降后，校董会立即派员返广州筹备复校事宜。校舍大半被敌伪毁坏，图书仪器校具荡然无存。经过惨淡经营，于1946年春，教忠中学终于复校，仍由金曾澄兼任校长，复校三年才将校舍修复。1949年10月，“广州解放了，教忠中学和全国人民一样获得了新生”(朱葆勤语)。据1950年11月的官方史料记载，教忠中学有11个班，学生407名，教职员25名，其中教师17名。1952年9月与力行中学合并，1953年7月又与万川中学合并。10月，校董会与全体师生热烈请求改归公立，市政府接管“教忠”，并更名为广州市第十三中学。经历了半个世纪的老校从而迈进了一个新时代。
50年来，“教忠”是一所享有较佳声誉的学校。万千学子在此接受基础教育，他们“或升大学以期深造，或谋职业以展所长，士各有志，不必尽同”(金曾澄语)。校友朱执信是中国近代杰出的资产阶级民主革命家、孙中山先生的得力助手，能有这位举国知名的校友是“教忠”的莫大光荣。能有像丁仁长、金曾澄这两位广东近代最为资深、颇负时名的教育家当“教忠”一始一终的校长，也是很值得称道的。
从人文地理而言，“教忠”这块“风水宝地”有着丰富的历史内涵。秦置古县番禺迄今已有两千多年的历史。史料说，县有番禺二山，因以为名；有的认为番禺是一座山。持二山说的，普遍认为位于广州市第十三中学与孙中山文献馆之间的高地就是昔日番山的遗迹。1990年市第十三中学兴建新校舍时，挖地基挖出的全是红土层与红砂岩，说明学校是番山的主体部分。五代十国时，南汉皇帝刘?NF024?凿平番山，积石为朝元洞(后更名为清虚洞)。在番山，北宋绍圣三年(1096)官府就设学课士，南宗淳?四年(1244)已建有番山书院，元朝则改创为“庙学及东西斋”，到明清两代更扩建成规模宏大的广府学宫，清末康有为的万木草堂以及丁仁长的教忠学堂，现代的广州市第十三中学、文德路小学、孙中山文献馆，它们的面积、规模、功能，历代虽有大小不同之分，但作为文化教育的“圣域”却长达900年，历久不变，教泽绵长，人才荟萃，这在广东是独一无二的，在全国来看亦属罕见。
现任领导：
康惠玲副校长，主要负责文德南校区及初三毕业班教学、教研工作。
韩洁副校长，负责文德北校区教学、教研工作。
黎树光党委书记，负责学校党委、工会及高中部德育工作。
陈支南校长，负责学校全面工作。
黄坚副校长，负责学校初中部德育工作
文穗华副校长，负责禺山校区教学、教研工作。
