1995年9月19日,玉溪卷烟厂改制,成立云南红塔集团和玉溪红塔烟草(集团)有限责任公司。云南红塔集团以玉溪红塔烟草(集团)有限责任公司为核心企业,吸收曲靖、红河、大理卷烟厂和曲靖、红河、大理烟草公司为集团成员,并保留其独立法人资格。
1998年,楚雄卷烟厂、楚雄烟草公司加入红塔集团。
1998年,红塔集团兼并长春卷烟厂,开创了烟草行业跨省联合重组的先例。
2001年下半年,曲靖卷烟厂、曲靖市烟草公司、红河卷烟厂、大理州烟草公司在云南烟草行业重组中与红塔集团分离。
2002年,红塔集团与海南省烟草公司以股份制形式组建海南红塔卷烟有限责任公司,在烟草行业中这是首例以股份制形式重组。
2003年,以股份制形式组建红塔辽宁烟草有限责任公司(其下属沈阳卷烟厂和营口卷烟厂整体加入红塔集团)。
2004年,云南省内9家烟厂变为红塔、昆明、红河、曲靖4家,实现“9变4”。红塔集团理顺了与楚雄卷烟厂、大理卷烟厂的关系,取消两家企业法人资格。
2006年,红塔集团按现代企业管理制度调整完善法人治理结构,使集团与旗下成员企业“公司更像公司,工厂更像工厂”。
2008年11月8日,红塔集团与红河集团昭通卷烟厂实现重组整合。