方法步骤：
一、将灌肠袋清洗干净后关上止水阀
咖啡灌肠使用的灌肠袋，其实就是在点滴袋上加装鼻胃管，在一般医疗器材店都可以买得到。每次使用过后清洗干净，可以重复使用。
二、将咖啡灌肠液加入约37℃的温水
除了加入接近人类体温的温水，建议还可以加入约0.5公克的海盐或海洋深层水来平衡电解质，使灌肠液的电解质更接近人体，提高渗透力。建议刚开始进行咖啡灌肠的人，第一次只要加入600的水即可，让身体先行适应，之后逐次再增加到1000。
三、将灌肠袋挂于高处
将装入灌肠液的灌肠袋挂高，约莫一个人的身高即可。
四、挤出灌肠管中的空气
打开灌肠管上的止水阀，让液体流出同时将灌肠管内空气挤出，之后再关上止水阀。
五、将灌管前端涂上乳液
建议可涂上乳液、液状的维他命、芦荟或是亚麻仁油等。
六、身体采右侧躺
进行咖啡灌肠时，可以铺个浴巾躺在床边的地板上，地点最好不要离厕所太远。
七、将灌肠管插入并打开止水阀
右侧躺姿，并将左脚自然弓起，将灌场管轻轻放进肛门约15公分深，打开止水阀约1/3，约15～20分钟可滴完。速度视各人情况调整，如果忍不住便意可放慢速度，或是先关掉止水阀，忍住30秒到1分钟，等便意减低再继续。如果真的忍不住，先去上厕所也没关系，可以分两次进行也不会影响效果。建议进行灌肠时可以听听音乐，放松心情。
八、躺正，进行身体按摩左侧腹部约3～5分钟
待灌肠液滴完后，身体躺正，可将双脚翘起来靠在床上或墙上，身体形成型。然后从左腹部开始按摩，绕着肚脐以顺时钟方向进行，按摩3～5分钟就可以上厕所了。这个时候其实已经会有便意，如果真的忍不住，省略按摩步骤直接去上厕所也可以。在按摩时会听到肚子里有水声，这时灌肠液就像漱口水清洁口腔一样在清洗肠壁。在上厕所时也可做顺时针腹部按摩，帮助将宿便排干净。
九、灌肠结束后补充蔬果汁或矿物质及益生菌
在进行灌肠之前和之后都可以喝一杯蔬果汁，以补充流失的水分，同时也平衡一下体内的电解质，降低灌肠时因外来液体侵入可能发生的不适感。灌肠之后也可以吃一点乳酸菌。
十、清洗器材
灌肠结束之后，灌肠袋里会留下一些咖啡渣，可以加入过滤水让它流掉。接触过肛门的那段灌肠管必须以肥皂清洗干净。袋内清干净之后，加入天然抑菌剂或酒精让它再一次流掉，做为消毒。另外在管子的末端也必须进行消毒。
清洁后将灌肠袋和灌肠管保持干燥，就可以重复使用。连续使用一个月之后再更换新的灌肠软管。要特别注意的是，即使是家人，也不要共用同一支灌肠管。
咖啡灌肠(Coffee Enema)的方法与一般灌肠大同小异，都能清肠、排宿便，不过使用的灌肠液是咖啡。早在两千年前，欧洲的古书中已有咖啡灌肠的记载，而第一次世界大战时，缺乏麻醉剂，咖啡灌肠因为有止痛的效果，曾被德军在开刀时用来减轻病患的痛苦。后来德国有两位医学院的教授，以老鼠进行咖啡灌肠试验，发现不仅能清肠、止痛，还有促进肝脏排毒的效果，进而奠定了咖啡灌肠的医疗背景。
注意事项：
1、灌肠的时间不要太匆促，时间可自行控制于15至30分钟，过程中可听音乐放松心情。
2、进行咖啡灌肠的次数最理想为早晚各1次，最适合的时机为饭后1小时。如果是刚开始进行的人，一天进行1次即可。
3、对于咖啡因等化学物质会产生过敏的人，应将咖啡稀释成4倍之后再使用。灌肠后，大肠如果发生过度蠕动的情形，应暂停进行并请教专业人员。
4、咖啡中的酸会刺激肛门的皮肤，可能会使痔疮恶化，或引起裂痔、脱肛、肛门炎等。因此在灌肠结束之后，建议将沾了肥皂的手指伸入肛门内约2～ 3，再以温水清洗，擦拭干净后於肛门部位涂抹凡士林，以预防痔疮的发生。
5、进行咖啡灌肠会让大肠的水份流失，灌肠前后应多喝水或蔬果汁，可搭配纤维素、益生菌及竹碳微粒加强效果。
6、上厕所时一定要做腹式按摩以贯彻效果。
7、灌肠液以1000㏄左右最理想。但可依个人情况，逐渐增加灌肠液的容量至1000㏄左右。
8、咖啡灌肠是协助将大肠内的废物排除干净，缩短废物在肠内的滞留时间，并无法取代每日正常的排便。